司法機關不予確認的調解協議有:不屬於人民法院受理範圍的；不屬於受理申請的人民法院管轄；申請確認婚姻關系、親子關系、收養關系等身份關系無效、有效或者解除的；涉及適用其他特別程序、公告程序和破產程序的；內容涉及產權和知識產權的確認。
法律客觀性:
最高人民法院關於適用《中華人民共和國民事訴訟法》的解釋
第357條
當事人申請對調解協議進行司法確認，有下列情形之壹的，人民法院應當裁定不予受理:
(壹)不屬於人民法院受案範圍的；
(二)不屬於受理申請的人民法院管轄。
(三)申請確認婚姻關系、親子關系、收養關系等身份關系無效、有效或者解除的；
(四)涉及適用其他特別程序、公告程序、破產程序的；
(五)調解協議內容涉及產權確認和知識產權的。
人民法院受理申請後，發現上述申請不予受理的，應當裁定駁回當事人的申請。