1、申請機構不同。版權登記的主管單位是國家版權局，商標註冊的管理單位是國家工商行政管理局商標局；
2、保護對象不同。商標權保護的對象是文字、圖形或者其組合構成的註冊商標，版權主要保護是作者所所創的文學、藝術和科學作品；
3、保護期限不同。商標註冊的有限期是10年，有限期滿後可以續展註冊；版權的保護期限為作者終生及其死亡後50年。
4、保護的目的不同。商標註冊保護的目的是為了促進生產者保證商品質量和維護商標信譽，保障消費者的利益；版權則保護的目的是鼓勵有益於社會的作品創作和傳播，促進社會文化和科學事業的發展和繁榮。
商標註冊和版權登記的相同之處：
1、商標註冊權和版權同屬知識產權並且都是無形資產，受到法律的保護；
2、商標權版權都受時間和地域限制。