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事業單位登記管理的最高層級是全國事業單位登記管理局。國家事業單位登記管理局是中央機構編制委員會辦公室的內設機構，是中央機構編制委員會的常設部級辦公室。中央機構編制委員會是中華人民共和國和國務院領導下負責國家行政管理體制和機構改革以及機構編制管理的常設議事協調機構。
國家事業單位登記管理屬於行政事業單位性質。