在日本設立的分公司能代替總公司提交商標申請嗎?

不能。根據查詢小盾知識產權網顯示。分公司不能代替總公司提交商標申請，分公司只能以分公司的名義做為商標申請人進行商標註冊申請。商標註冊成功後，則該商標只歸屬於分公司名下。總公司需要使用的，則需要得到分公司的授權許可，並在商標局辦理備案許可手續。