首先，概念不同
1，不征收增值稅。
指不屬於增值稅範圍的項目。
2.免除增值稅
根據稅法相關規定，屬於原本需要征稅的稅收優惠，部分項目取得的收入免繳增值稅。
第二，適用時間不同
1，不征收增值稅。
沒有硬性的適用時間段。《企業所得稅法》第七條規定，收入總額中的下列收入為“不征稅收入”:財政撥款；依法收取並納入財政管理的行政事業性收費和政府性基金；國務院規定的其他不征稅收入。
2.免除增值稅
對應稅行為適用免稅、減稅規定的納稅人，可以放棄免稅、減稅，按照規定繳納增值稅。放棄減免稅後，36個月內不得再次申請減免稅。
第三，開具發票的權限不同。
1，不征收增值稅。
不征稅，除特殊情況外，不能開具增值稅發票。《中華人民共和國增值稅暫行條例》第二十壹條規定，不征收增值稅的項目不屬於增值稅的範圍，因此納稅人在取得收入時不能開具增值稅發票。
2.免除增值稅
可以開具增值稅普通發票。根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》(中華人民共和國國務院令第538號)第二十壹條和《營業稅改征增值稅試點實施辦法》(財稅[2016]36號附件1)第五十三條規定，增值稅納稅人銷售免稅貨物不得開具增值稅專用發票，只能開具增值稅普通發票。
免征時可以開具增值稅的特例:國有糧食購銷企業銷售免稅糧食時可以開具增值稅發票。政策依據:《財政部中華人民共和國國家稅務總局關於糧食企業免征增值稅的通知》(財稅字[1999]第198號)、《財政部中華人民共和國國家稅務總局關於儲備大豆免征增值稅政策的通知》(財稅字2014]第38號)。