根據上述職責，市水務局設13個內設機構：
（壹）辦公室
負責機關文電、會務、機要、檔案等政務工作；承擔重要文稿的起草、信息、信訪、安全保密、局政務信息公開以及建議、提案辦理工作；承擔重要事項的組織和督查工作；負責局機關綜合協調、日常管理、服務保障工作；承擔水務行政審批和行政許可的集中受理。負責水務信息化建設與管理工作。
（二）規劃計劃處
組織編制全市水務中長期發展規劃和年度計劃草案並監督實施；審核市規劃內和年度計劃規模內涉水固定資產投資項目，負責組織水務項目規劃前期工作；參 與水價管理與改革；承擔水務綜合統計工作；指導區、縣（市）水務綜合性規劃工作；指導、管理全市水務經濟工作；負責水務行業的經濟調節工作。
（三）建設管理處
承擔全市水務工程建設管理責任；擬訂水務工程建設管理的政策、規程、規範、標準草案並監督實施；指導全市水務工程建設；監督管理水務建設市場；指導全市水務工程質量監督工作；組織水利基建項目初步設計文件審批；負責對水務工程招標投標工作進行行政監督和管理；依法承擔水務工程建設管理的行政許可工作；組織水務重大項目的立項技術審查和驗收評估；參與水利血防工作。
（四）水資源管理處
承擔城鄉水資源供需平衡、環境用水和水能資源管理責任；負責節約用水工作；擬訂全市計劃用水發展規劃和年度計劃、水量分配調度方案草案並組織實施；負責水功能區劃分和核定水域納汙能力，提出限制排汙總量的意見；指導全市水域水質監測工作並監測轄區內水域的水量、水質；監督水源保護；核發取水許可證；負責礦泉水、地熱水行政管理；負責組織全市水環境治理規劃的編制和監督實施，定期發布水資源公報；協調水文工作。
（五）供水管理處
承擔全市城市供水行業管理、行業特許經營管理責任，負責農村居民用水、農村飲水安全工程、村鎮供水工作；參與全市城鄉供水價格核算的論證；按權限對城市公***供水企業（含自建設施對外供水企業）進行資質審查；負責對進入城市供水系統（含二次供水設施）涉及飲用水衛生安全的監督管理；協調城市建設中的供水管網管線及制水廠的改、擴、建工作；指導、監督全市城鄉供水行業的服務質量與安全生產工作；會同相關部門開展水價調整工作。
（六）水汙染治理處
承擔全市城鄉排水、汙水處理、再生水和中水利用的行業管理責任；編制全市城鄉排水、汙水處理、再生水和中水利用發展規劃及年度計劃；參與編制排水管網的建設規劃工作；審核湖庫、河道排汙口的設置、改建和擴建；審批全市城市排水許可證；監督管理公***排水、汙水處理、再生水和中水利用設施的維護和安全運行；指導排水行業水質檢測工作；指導汙水處理費的征收管理工作。
（七）水利水電管理處（水土保持處）
負責編制全市農田水利建設發展規劃和年度計劃草案並組織實施；組織、指導、協調灌溉用水、農田水利設施管理、農業節水工作；負責基層水利工管單位的監督管理；負責水利工程的運行管理；協同有關部門指導地方水電站、涉水電網管理等工作；貫徹實施全市水土保持法律法規；承擔全市水土流失綜合防治；組織編制全市水土保持規劃草案並監督實施；承擔全市水土流失監測及管理責任；負責市級開發建設項目水土保持方案審批及設施竣工驗收；審核開發建設項目水土保持方案並監督實施；負責水土保持補償費的征收工作。
（八）信息管理處
指導全市水務信息化和水務信息資源管理工作，組織編制全市水務信息化和水務信息資源管理規劃、技術標準，並監督執行；負責全市水務信息化系統的建設和運行維護，開展信息化成果的交流、推廣和信息技術培訓；負責水務信息資源的整合、分析和水務信息服務，負責發布和公開水務信息；負責水務局門戶網站的的管理。
（九）河道堤防（采砂）管理處
負責河道工程建設項目的評估、審查、報批；負責采砂許可證的核發及河道采砂管理費的征收；負責牽頭組織全市水域範圍內的砂石資源等的開發、利用、保護；組織指導全市水務工程的確權劃界；參與全市河道管理範圍內建設項目的評估、審查、報批及河道行政許可工作；組織指導河流、水庫、湖泊、灘塗的治理和開發；負責堤防工程管理，承擔市轄區防洪大堤堤頂和戧臺兼作公路審批工作；承擔全市河道、湖泊（含城市水體、人工水道、行洪區、蓄洪區、滯洪區）的管理責任；組織指導水域及其岸線的管理和保護。
（十）總工室
負責局系統的技術管理工作；組織重要工程項目的方案及復雜技術問題的審查及專家咨詢；參與工程事故的分析、鑒定和處理；負責本市水務系統科學技術工作；組織重大水務科學研究、技術引進與推廣工作；指導全局系統技術資料與業務檔案整理工作，負責各類技術審批文件的復核工作；指導和參與全市水務規劃研究工作
（十壹）法規安監處（應急管理辦公室）
組織起草本市水務地方性法規和政府規章草案；承擔對本部門制訂的規範性文件合法性審核；擬訂全市水務工作政策和法制建設規劃草案；負責本部門行政執法人員的管理、監督、考核和證件管理；負責本部門行政執法工作；負責局系統的普法工作；承擔水務行業安全生產工作和水務工程的安全監管，組織或參與重大水務安全事故的調查處理；承擔市水務局應急管理辦公室的日常工作。
（十二）財務審計處
負責編制局系統資金收支計劃和局機關部門預算，組織、指導局屬單位部門預算編制工作；管理各項水務專項資金；負責經費支出、會計核算、財務管理、國有資產監督管理工作，指導局屬單位的財務管理和國有資產監督管理工作；承擔局機關並指導所屬單位的審計工作；配合有關部門開展專項審計和稽察工作；承擔市水務行業相關規費的使用、管理責任。
（十三）人事教育處
負責局機關並指導局直屬單位的機構編制、人事管理、教育培訓、隊伍建設、宣傳、黨群、統戰、精神文明建設等工作；牽頭組織協調績效考核工作；負責水務行業協會、學會管理工作；負責水務系統職業教育和技術培訓以及專業技術職務評定工作；承擔對外科技交流與合作工作；指導水務行業知識產權保護工作。
（十四）機關黨委
負責局機關黨群工作和離退休人員管理工作。
（十五）紀檢監察室
協助局黨委抓好黨風廉政建設和反腐敗工作；負責行使上級紀檢部門規定的各項職能；負責全市水務系統反腐敗工作，組織開展反腐倡廉的學習、教育活動；制定反腐倡廉各項措施；負責招投標、工程建設、水務建設資金及重大事項的監督；
（十六）團委
1、負責起草團組織的各項制度和規定，監督基層組織執行；
2、負責團的基層組織、團幹部及廣大團員情況的統計；
3、負責團員發展、團證的頒發、註冊、補辦；
4、負責團的組織關系轉接和團籍管理、團費收繳工作；
5、負責組織團校、團幹部上崗培訓、掛職鍛煉、理論研討會等培訓工作；
6、負責組織評優工作，包括分團委工作評估、團支部工作等級評估、優秀學生幹部的評選等；
7、負責先進集體和先進個人的材料整理，並及時向上級報告；
8、了解並抓好基層的組織工作；
9、開展推優工作，指導下級團組織協助同級黨組織做好積極分子工作；
10、審查入黨積極分子材料，推薦優秀團員作為黨的發展對象；
11、完成領導交辦的其他工作。