重新組建的國家知識產權局站在新的起點上，也將面臨諸多新的挑戰。陶鑫良指出，如何“指導商標、專利的行政執法”和如何“按照分工開展對外知識產權談判”，前者涉及市場監管總局系統內特別是與市場監管綜合執法隊伍的分工與合作，後者涉及與國務院其他部門的分工合作。這些是新國家知識產權局今後壹段時間內的工作重心。
黃武雙則認為，專利與商標申請、註冊量迅速飆升的問題，行政執法措施與司法保護之間平衡的問題，國際貿易摩擦所涉及的知識產權問題都將為新組建的國家知識產權局帶來新的挑戰。對此，他建議，壹方面在設立協作審查中心、增加審查人員的基礎上，通過技術手段提供商標標識比對、提高專利申請審查效率；另壹方面利用各種渠道收集信息，提前預判國際貿易中可能凸顯的知識產權重大問題，並設專項課題召集合適的專家開展研究。
中國科學院科技戰略咨詢研究院研究員劉海波表示，重新組建的國家知識產權局在構建新型保護體系、應對新技術新商業模式等方面都面臨著挑戰。因此，必須加快形成涵蓋授權確權、行政執法、司法保護、仲裁調解、行業自律等各個環節的知識產權保護體系，加快專業能力建設。
目前，國家知識產權局已經成立了機構改革工作小組，制定了機構改革組織實施方案，紮實推進重新組建知識產權局各項工作。4月20日，劃入機構、編制和人員的轉隸工作已按期完成。來源：經濟日報