(2)目的不同。品種保護的出發點是保護育種者或品種權人的利益，品種審定的出發點是保護生產者的利益。植物新品種保護主要是通過保護育種者的專有權來促進育種創新；品種審定主要是通過檢驗品種的可靠性和適用性，促進品種的健康推廣應用。
(3)範圍不同。植物新品種保護的新品種可以是新育成的品種，也可以是開發發現的野生植物形成的品種；品種審定的新品種可以是新育成的品種，也可以是新引進的品種；植物新品種保護的品種範圍是根據審批機關逐批公布的保護名錄所劃定的品種或屬，在國家層面存在，但沒有國內區域名錄。審定的品種範圍主要包括對國計民生比較重要的大田作物或蔬菜品種，國家和省級審核範圍可以不同。
(4)審查標準和方法不同。DUS:植物新品種保護審查應當按照國際統壹的試驗指南或者我國審批機關制定的試驗指南進行特異性、壹致性、穩定性試驗、實驗室試驗或者書面審查，或者三者結合進行。綜合考慮後，還要看是否符合新品種的要求，才能決定是否授權。品種審定應根據不同種類的品種進行大規模的栽培和利用價值VCU:栽培和利用價值，即是否具有推廣價值，以決定是否批準。
(5)對特異性的要求不同。植物新品種保護主要從品種的外觀形態特征進行審查，要求新品種在株高、種皮或花色、葉寬、株型等壹項或幾項指標上與提交申請前的已知品種有明顯差異，或者在品質、抗性等方面與已知品種有明顯差異；品種審定突出品種的產量、品質、成熟度、抗病蟲性、抗逆性等可利用特性。植物新品種保護選用的對照品種為世界上最相似的品種，審查測試時應將申請品種、標準品種和相似品種放在壹起種植進行比較；區域品種試驗選用的對照品種只是當地生產中推廣的主要品種。
(6)對新穎性的要求不同。植物新品種保護要求在申請前壹次內未銷售過，品種批準不管在批準前是否銷售過。
(7)評審機構和層次不同。品種保護的受理、審查和授權集中在國家壹級，由植物新品種保護審批機關負責；理論上，只有通過DUS的品種才能通過新品種審定，然後才能被授權參加VCU。在我國，品種審定是在國家和省兩級進行的，由品種審定委員會負責。在我國已經獲得品種權的新品種，屬於審定範圍的，要在生產中推廣應用，需要辦理品種審定手續；通過品種審定的品種需要法律保護的，需要申請品種權，只要符合規定的授權條件，就可以取得品種權。
(8)推廣使用有區別。授權品種通過品種審定後，方可推廣應用。通過品種審定可以推廣應用；少數授權品種可能不符合品種審定要求，但作為遺傳基礎材料仍具有潛在的科學價值或經濟效益。