中國創新指標體系分成三個層次。第壹個層次用以反映我國創新總體發展情況，通過計算創新總指數實現；第二個層次用以反映我國在創新環境、創新投入、創新產出和創新成效等4個領域的發展情況，通過計算分領域指數實現；第三個層次用以反映構成創新能力各方面的具體發展情況，通過上述4個領域所選取的21個評價指標實現（指標體系框架詳見附表）。對4個領域及21個評價指標的簡要說明如下： 該領域主要反映驅動創新能力發展所必備的人力、財力等基礎條件的支撐情況，以及政策環境對創新的引導和扶持力度，***設5個評價指標。
1．經濟活動人口中大專及以上學歷人數
該指標用以反映我國勞動力綜合素質和創新人力資源情況。經濟活動人口是指所有年齡在16歲及以上，在壹定時期內為各種經濟生產和服務活動提供勞動力供給的人口。
2．人均GDP
這是反映壹個國家經濟實力的最具代表性的指標，可以反映經濟增長與創新能力發展之間相互依存、相互促進的關系。
3．信息化指數
該指數從信息化基礎設施建設、信息化應用水平和制約環境，以及居民信息消費等方面綜合性地衡量國家信息化發展總體水平，用以反映社會利用信息通信技術來創建、獲取、使用和分享信息及知識的能力，以及信息化發展對社會經濟發展的推動作用。該指標數據來源於有關部門開展的信息化發展指數評價的測算結果。
4．科技撥款占財政撥款的比重
政府財政科技撥款對全社會創新投入和創新活動的開展具有帶動和導向作用，該指標反映政府對創新的直接投入力度以及對重點、關鍵和前沿領域的規劃和引導作用。
5．享受加計扣除減免稅企業所占比重
企業研發費用稅前加計扣除政策被認為是鼓勵企業加大研發投入、開展創新活動的最為直接和有利的扶植政策之壹。該指標可以反映政府有關政策的落實情況，進而從壹個側面反映企業創新環境情況。受數據來源限制，該指標的數據口徑為大中型工業企業。 該領域通過創新的人力財力投入情況、企業創新主體中發揮關鍵作用的部門（即研發機構）建設情況以及創新主體的合作情況來反映國家創新體系中各主體的作用和關系。由於缺乏創新的人力和財力投入指標且研發是當前我國創新的最重要環節，因此這裏的投入指標用研發投入指標代替。該領域***設6個指標。
1．每萬人R&D人員全時當量
指按常住全部人口平均計算的R&D人員全時當量。該指標反映自主創新人力的投入規模和強度。R&D人員包括企業、科研機構、高等學校的R&D人員，是全社會各種創新主體的R&D人力投入合力。R&D人員全時當量是指按工作量折合計算的R&D人員。
2．R&D經費占GDP比重
該指標又稱R&D投入強度，是國際上通用的、反映國家或地區科技投入水平的核心指標，也是我國科技中長期科技發展規劃綱要中的重要評價指標。
3．基礎研究人員人均經費
指按基礎研究人員全時當量平均的基礎研究經費。基礎研究是科學技術發展的根基，其水平在壹定程度上可以代表壹個國家原始創新能力。本指標體系以該指標來反映國家在加強原始創新能力上所作的努力。
4．R&D經費占主營業務收入的比重
企業是創新活動的主體，而工業企業又在企業創新活動中占有主導地位。該指標反映創新活動主體的經費投入情況。受數據來源限制，該指標的數據口徑為有R&D活動的大中型工業企業。
5．有研發機構的企業所占比重
企業辦研發機構是企業開展R&D活動的專門機構，是企業持續、穩定開展創新活動的重要保障。該指標從壹個側面反映企業持續開展創新活動的能力。受數據來源限制，該指標的數據口徑為大中型工業企業。
6．開展產學研合作的企業所占比重
該指標是反映產學研合作的重要指標。本指標體系通過產學研合作來反映我國各創新主體間的合作情況。受數據來源限制，該指標的數據口徑為大中型工業企業。 該領域通過論文、專利、商標、技術成果成交額反映創新中間產出結果。該領域***設5個指標。
1．每萬人科技論文數
科技論文是指企事業單位立項的由科技項目產生的、並在有正規刊號的刊物上發表的學術論文，科技論文是創新活動中間產出的重要成果形式之壹。該指標反映研發活動的產出水平和效率。
2．每萬名R&D人員專利授權數
指按R&D人員全時當量平均的專利授權數量。本指標體系中的專利授權數指國內職務專利授權數，專利授權數是創新活動中間產出的又壹重要成果形式。該指標也是反映研發活動的產出水平和效率的重要指標。
3．發明專利授權數占專利授權數的比重
發明專利在三種專利中的技術含量最高，能夠體現專利的水平，也體現了研發成果的市場價值和競爭力，本指標體系中的發明專利授權數指國內職務發明專利授權數。該指標是反映專利質量的關鍵指標。
4．每百家企業商標擁有量
商標擁有量指企業擁有的在國內外知識產權部門註冊的受知識產權法保護的商標數量。該指標在壹定程度上反映企業自主品牌擁有情況和自主品牌的經營能力。受數據來源限制，該指標的數據口徑為大中型工業企業。
5．每萬名科技活動人員技術市場成交額
指按每萬名科技活動人員平均的技術市場成交金額。該指標反映技術轉移和科技成果轉化的總體規模。技術市場成交額指全國技術市場合同成交項目的總金額。 該領域通過產品結構調整、產業國際競爭力、節約能源、經濟增長等方面，反映創新對經濟社會發展的影響。該領域***設5個指標。
1．新產品銷售收入占主營業務收入的比重
新產品銷售收入是反映企業創新成果，即將新產品成功推向市場的指標。該指標用於反映創新對產品結構調整的效果。受數據來源限制，該指標的數據口徑為大中型工業企業。
2．高技術產品出口占貨物出口額的比重
高技術產業與創新具有互動關系。該指標通過高技術產品出口的變化情況，反映創新對產業國際競爭力的影響效果。該指標的數據口徑為規模以上工業企業。
3．單位GDP能耗
指每產出萬元國內生產總值（GDP）所消耗的以標準煤計算的能源。節約能源是企業技術創新的目的之壹，創新是節約能源的途徑和保障，對節約能源起決定性因素。該指標反映創新對降低能耗的效果。
4．勞動生產率
指壹定時期內工業總產值與年平均從業人員之比。創新是影響勞動生產率的重要因素，提高勞動生產率是企業創新的目的之壹。該指標反映創新對工業經濟發展的促進作用，數據口徑為規模以上工業企業。
5．科技進步貢獻率
指廣義技術進步對經濟增長的貢獻份額，即扣除了資本和勞動之外的其他因素對經濟增長的貢獻。該指標數據來源於有關部門開展的科技進步貢獻率評價的測算結果，是衡量科技競爭實力和科技轉化為現實生產力的綜合性指標。本指標體系中該指標使用的是報告期及之前4年間的平均水平，用以反映創新對國民經濟發展的促進效果。