4、總體目標。到2010年，通過實施環境科技創新、環保標準體系建設和環保技術管理體系建設三大工程，在知識創新的關鍵研究領域取得重大突破，環保技術法規、標準基本滿足環境管理需要，環境技術管理體系初步建立，使科技支撐和引領環保事業發展的能力有較大提高。 到2020年，建立層次清晰、分工明確、運行高效、支撐有力的國家環境科技支撐體系。 三、完善環境管理科學決策機制，強化環境科技在環保工作中的基礎地位 5、建立以環境科技為基礎的科學決策機制。環境管理決策必須以科學技術為依據。各級環保部門要充分尊重科學、尊重知識、尊重人才，建立專家參與管理決策機制，完善管理決策程序，提高管理決策的科學性。環保重大問題、重要工作以及專業性較強的決策，應當組織專家進行必要性和可行性論證，切實做到未經調查研究不決策、未經科學論證不決策。環保法律法規標準、規劃、政策措施等重大決策及重要事項，要安排前瞻性的科研和論證，並作為環境管理決策的依據。總局成立由有關院士等高層次專家和人員組成的國家環境咨詢委員會，對涉及國家環保的大政方針提出咨詢意見，向黨中央、國務院提出建議；成立由各領域專家組成的科學技術委員會，對涉及總局的重大決策和專項問題進行論證提出意見。各級地方環保部門也要結合當地實際需要，采取不同形式，積極建立專家咨詢與參謀機制。 四、實施環境科技創新工程，搭建環境科技創新平臺 6、以解決重大環境問題為出發點，突破環保事業發展的技術瓶頸。圍繞落實《國家中長期科學和技術發展規劃綱要（2006- 2020年）》和國務院《決定》確定的七項重點工作，制定並實施《國家環境保護“十壹五”科技發展規劃》，按照全面推進重點突破的思路，集中力量優先開展飲用水源地保護、流域水汙染控制、區域大氣汙染控制等關鍵領域的研究與開發，組織跨部門、跨學科、跨地域的科技協作與攻關，盡快突破長期制約經濟、社會和環境發展的關鍵性科技難題。 7、以環境管理制度創新研究為先導，引領環保事業發展。要圍繞建立和完善環境保護的長效機制，突出與實現歷史性轉變相配套的體制、機制、政策和管理制度等方面前瞻性研究，開展環境影響評價制度、汙染物排放總量控制制度、環境目標責任制等制度的創新研究，強化與環境保護法規、規章、戰略、重大規劃以及環境監管體制相關的基礎研究，集成現有科研成果和先進管理模式，為建立完善新型環境管理制度提供科學依據和理論基礎。
8、加強環境監測預警的技術創新，為建立先進的環境監測預警體系提供技術保障。要大力推動環境監測的基礎性研究，開展以環境監測方法、質控要求、技術標準、信息體系等為內容的科學研究，加快環境與災害監測預報小衛星系統建設進度，全面提升我國的環境監測預警能力和應急監測能力，逐步實現對環境汙染和生態破壞大面積、全天候、全天時的動態監測，為建立先進的環境監測預警體系提供技術保障。 五、實施環保標準體系建設工程，提高環境保護執法和管理工作的水平 9、以環境質量標準和汙染物排放標準為核心，全面推進國家和地方環保標準工作。各級環保部門要將達到環境質量標準作為環保工作的出發點和歸宿點，努力使環保標準與環境目標相銜接；汙染控制工作要以達標排放為載體，通過執行環保標準，提高環境準入門檻，優化經濟發展。要落實《國家環境保護標準“十壹五”規劃》，完善國家環境質量標準，建立科學的環境質量評價方法；大力開展重汙染行業汙染物排放標準的制定工作。開展環境基準和環保標準理論研究。地方環保部門要強化環保標準管理職能，嚴格依法開展制訂地方環保標準工作，監督環保標準在本轄區的實施，逐步建立科學有效的環保標準實施監督機制，嚴格實施地方環保標準備案制度。 六、實施環保技術管理體系建設工程，引導循環經濟和環保產業發展 10、以建立環境技術管理體系為目標，增強技術創新能力。建立完善以技術政策、技術指南、技術規範、技術評估和技術推廣、示範為主要內容的國家環境技術管理體系。“十壹五”期間，總局將發布10項重點行業汙染防治技術政策、壹批汙染控制技術要求和工程技術規範；每年公布環境技術發展白皮書，篩選汙染控制最佳可行技術，發布相關技術指南；發布國家鼓勵和限制發展的環境技術、裝備目錄；建立第三方技術評估與專家評估相結合，以第三方評估為主、專家評估為輔的新型環境技術評估體系；加強環保設施運營資質審核、註冊環保工程師管理工作，實行動態跟蹤考核。 11、以新技術新工藝推廣示範為重點，加大環保科技推廣力度。進壹步加大投入，開展新技術新工藝推廣示範。有針對性地遴選先進成熟的環保科技成果和實用技術，在環保治理工程中推廣示範，努力提高工程科技水平和建設質量。加強環保科技成果推廣和環保科普工作，調動環保科研院所、企業、各類高校和學會、協會等組織參與科技推廣的積極性，廣泛開展環保科技成果推廣和科普活動。到2010年，總局會同科技部建成50個環保科普基地。各地也要通過各種途徑建設壹批地方環保科普基地，作為推廣環保科技、提高公民環保素質的重要途徑。 12、引導環保高新技術開發，促進環保產業發展。圍繞國家環保目標和環保產業發展的需求，以環境技術管理體系為手段，積極引導、扶持企業開發具有自主知識產權的重要環保技術裝備和基礎裝備，努力掌握環保核心技術和關鍵技術。集中力量創建壹批富有活力的環保產業化示範基地和體現循環經濟理念的生態工業示範基地，促進環保產業發展，推動循環經濟。加快發展環保服務業，推進環境咨詢市場化，充分發揮行業協會等中介組織的作用。 七、加強環保科技基礎能力建設，增強環保科研機構的持續創新能力 13、建設全國環境科技協作和資源信息***享平臺。各級環保部門要充分調動全社會力量，利用各種科技資源，實行資源整合、優勢互補、強強聯手、形成合力、為我所用，形成全社會科技資源為環保事業服務的良好局面。壹是要充分發揮環保系統科研院所具有的學科優勢，強化其為環境管理提供技術支持的職能；二是要充分發揮中科院和高校在基礎研究和人才資源方面的優勢，強化戰略協作與合作機制，推動環境科學研究發展，充分調動其人才和科技資源，促進環保人才的培養和再教育；三是要充分發揮部門和行業科研院所以及企業科技人員的專業和技術優勢，打破條條框框，實行開門搞科研；四是加強國際環境科技合作，積極參與全球環境問題研究，吸引全球環境科技資源為我國環保事業服務；五是要發揮各類環保社團組織特別是各級環境科學學會和環保產業協會等在學術研討與技術交流等方面的作用。 14、強化重點實驗室和工程技術中心等基礎平臺建設。制定並實施《國家環保總局重點實驗室和工程技術中心能力建設專項規劃》。根據部門、行業和地方在技術、專業和區域上的特色，在已有工作的基礎上，到“十壹五”末爭取建成30個國家環境保護重點實驗室和50個國家環境保護工程技術中心，作為科學研究和技術開發的基礎平臺。要加強同科技、發展改革等部門的溝通和對接，爭取建設國家實驗室、野外觀測臺站和重點實驗室等大型科技基礎項目，為科學研究、技術創新和野外實驗提供物質基礎。省級環保部門要強化所屬院所科研能力建設，建立省級環境科研重點實驗室和工程技術中心。