全面負責北京生物科學院的日常事務，協調研究所各機關的工作；負責醫院機關人事、財務工作，醫院黨委日常工作和黨務管理；協助醫院領導組織制定醫院的中長期發展規劃；負責院內重要工作和重大活動的協調組織，組織安排全院性會議；組織醫院主管部門制定相關規章制度，編制醫院規章制度，起草綜合性文件；負責醫院檔案和公文的管理；負責醫院ARP系統的管理和運行；落實和完成院領導和黨委交辦的其他事項，等等。
交流與合作辦公室:
負責交叉科學中心、中美生命科學聯合研究中心、全球變化生物學研究中心等虛擬研究中心的建設；選擇具有重大交叉意義的研究項目，組織跨學科人才開展生命科學與非生命科學的交叉研究；組織和舉辦跨學科科學研討會；創辦北京生命科學論壇和學術年會。
科研教育司:
組織生命科學的戰略研究和長遠發展規劃；定期評估相關研究所，組織跨研究所重大項目的申請和建議；北京生命科學研究所發起的重大科研項目(課題)的組織與管理；負責計算生物學研究中心、生化研究中心、幹細胞研究中心等開放研究中心的建設；負責機構和國際合作；負責研究生教育相關管理事務，組織生命科學與生物技術精品課程和前沿交叉學科講座。
有條件支持:
負責中科院奧林匹克公園的統壹規劃和基本建設；提出大型儀器設備購置和布局計劃，推進生命科學園大型儀器平臺服務，資助科學儀器新功能、新方法的開發研究；協同管理蛋白質科學平臺、中日聯合實驗室、實驗動物中心、大型實驗溫室等。建立知識產權管理服務中心，完善知識產權管理，促進校企合作；開展轉化型研究，推動基礎研究向產業化發展，實現科技成果轉移轉化；建立生化試劑服務中心。
計算信息中心:
承擔計算生物學研究中心的建設和運營任務，負責醫院的信息化建設。