系統控制重點實驗室於1994年底經中國科學院批準正式成立。其前身是1962年3月成立於中國科學院數學研究所的控制理論研究室，是中國最早從事現代控制理論研究的單位。首任室主任為著名科學家關肇直院士、副主任為宋健院士。四十多年來，該室無論在控制理論基礎方面還是在國防和工程、經濟等應用方面都取得了令世人矚目的成就，為奠定和推動我國的現代控制理論及應用做出了重要貢獻，成為國內系統與控制理論研究的中心；先後獲得國家自然科學獎3項，國家科技進步特等獎1項，以及20多項院、部級獎。 該室的宗旨是充分發揮多學科交叉與綜合的優勢，以科學、工程和經濟建設中的實際問題為背景，開展系統控制中帶有普遍性的關鍵科學問題研究，做出國際領先或先進水平的工作，並針對具有重要意義的實際項目,取得應用成果,同時廣泛開展國內外學術交流和合作，培養年輕的學科帶頭人，為中國科學事業的發展和現代化建設作出應有的貢獻。
研究方向有隨機系統、非線性系統、分布參數系統、離散事件動態系統、參數估計、適應控制、魯棒控制、網絡信息論、復雜系統與復雜性、量子控制、先進控制系統設計方法研究等。本著開拓創新、與時俱進的精神，許多新的生長點不斷湧現。
該室現有成員17人，其中包括中國科學院院士2人、美國IEEEFellow3人、IFACFellow3人，博士導師9人、國家傑出青年基金獲得者6人、中國科學院百人計劃入選者2人，另有國際著名學術期刊編委6人次，國內學術期刊主編、副主編、編委20余人次。多人在國內外重要學術組織兼職，先後任國際自動控制聯合會(IFAC)執委會委員，IFAC技術局委員，IFAC系統與信號協調委員會主席，IFAC獎勵委員會委員及YAP獎評選委員會主席，IFAC建模、辨識與信號處理委員會主席，中國自動化學會理事長，中國自動化學會副理事長，中國數學會副理事長，中國工業與應用數學會副理事長，國家科學技術獎勵委員會委員，中國科學院信息技術科學部常委等。
目前復雜系統研究中心的主要人員如下：
職務 姓名 單位
中心主任 郭 雷 中國科學院系統科學所
中心副主任 韓 靖 程代展 中國科學院系統科學所
學術委員會主席 何毓琦 Harvard University
陳翰馥 中國科學院系統科學所
顧 問 John Holland University of Michigan
研究方向包括復雜自適應系統，系統生物學 ，量子控制系統，復雜多個體系統 ，同步分析，集體行為的“軟控制” ，多智能體系統的分布式設計 ，復雜網絡 ，網絡信息論 ，網絡同步，復雜系統控制，反饋能力的研究，切換系統的分析與控制，非線性系統等。
1．基本情況概述
信息安全中心於2002年3月由數學與系統科學研究院批準成立。信息安全中心於2002年6月5日在數學與系統科學研究院舉行成立會。出席成立會的有中國科學院基礎局和高新技術局的有關負責人，國家基金委副主任和信息學部、數理學部負責人，數學與系統科學研究院的領導和有關處室負責人，我院的8位院士，北京大學，清華大學，郵電大學，國家信息安全重點實驗室，科學出版社，中國科學院軟件所等的同行專家多人。
信息安全中心的宗旨：研究信息安全的科學理論，解決信息安全技術問題，形成自主知識產權，高度重視成果轉化。
2．研究中心研究工作
(a) 理論研究：
·流密碼，高維循環碼和線性系統結構
·橢圓曲線與超橢圓曲線密碼設計與分析
·密鑰***享理論技術研究
·安全多方計算
·代數攻擊
·數字簽名
(b) 技術研發：
·具有身份認證的二維條碼理論與技術（與軟件所合作）
3．信息安全中心組成
學術委員會主任：
萬哲先 中國科學院院士
主任：劉木蘭 研究員 副主任：吳新文 副研究員