學院學術氛圍濃厚，科研工作深入紮實。在藥理與毒理學、臨床藥學、藥物新劑型設計與評價、藥物代謝和藥物動力學、創新藥物的合成與篩選、中藥與天然藥物藥效物質基礎和質量標準等領域的研究工作不斷深入。目前擁有國家中醫藥管理局批準的中藥三級實驗室1個，二級實驗室3個；遼寧省科技廳批準的重點實驗室1個；遼寧省教育廳批準的遼寧省高等學校創新團隊1個。
近三年，學院獲國家級科研項目35項、省部級科研項目42項、國際合作與資助項目10項；學院獲得國家科技成果獎2項，省、部級科技成果獎6項，獲得日內瓦國際發明獎、教育部、中國高校、遼寧省、沈陽市等各級獎11項。主辦國際、國家級學術會議5次，邀請院士來院做特約報告2次，並特聘丁健院士作為我院研究生指導教師。獲得國家新藥證書2項，國家發明專利15項；發表各類研究論文420篇，其中SCIE收錄近150篇；藥理毒理學科進入ESI全球排名1%。
走產學研壹體化道路是學院發展的重要方向，在科研工作中抓好應用基礎研究，抓知識產權，出成果，出效益，出人材。以科研促產品，以產品養科研。立足國際前沿，充分發揮醫學、藥學學科齊全的優勢，通過學科群建設，促進了學科的交叉、滲透，顯著提高了科技攻關和科技創新能力。目前，我院在與沈陽泗水科技城***建“藥學檢測評價中心”、與廣東合鑫藥業股份有限公司***建“個體化治療中心”等廣泛合作基礎上，已經被遼寧省教育廳批準為“第三批遼寧省高等學校對接產業集群協同創新基地”，旨在與西豐醫藥保健品產業集群合作，開展“鹿產品”等特色資源保健品研發與深加工。