馬軍酷愛審判事業，勤奮學習，刻苦鉆研，努力提高法學理論水平和運用理論解決實際問題的能力，經過10余年的拼搏，從壹名司法學校畢業的中專生，成長為壹名站在北大等高校講臺傳授司法實踐經驗的專家型法官。由於工作業績突出，他連續9年獲得海澱區人民法院先進工作者和廉政先進個人稱號，榮立個人壹等功壹次，二等功兩次，三等功壹次。榮獲"北京市十佳法官"、海澱區"五四青年獎章"、"海澱區十大公德人物"、"海澱區十大傑出青年"、全國優秀法官等稱號。中國消費者協會成立二十周年之際，因其在消費維權方面的突出貢獻，被授予"3.15"個人榮譽獎章。
獨立辦案6年來，馬軍以平復社會矛盾為己任，成功審理了近千件民事案件。他審判思路清晰、技巧靈活，駕馭庭審的能力非常強，裁判文書非常規範。對醫療事故、物業糾紛等新類型案件頗有研究，見解深刻。圓滿地審結了首例網站BBS版"網罵"引發的網名糾紛案，高考報名權案，"特富龍"成份不粘鍋糾紛案，律師狀告律師協會案、劉翔肖像權案、自然保護區拍攝引發名譽權糾紛案件等壹批涉及範圍廣、難度大的案件。馬軍不僅圓滿完成了上級領導交給的審判任務，還以出色的職業素養和良好的職業操守贏得了社會各界的廣泛尊重，被人大代表譽為"從源頭上保衛司法公正"的好法官。