近十年來，我院累計完成各類設計、研究課題千余項，***獲國家、交通部、上海市及中國交通建設股份有限公司優秀成果獎數十項，其中國家優秀成果獎11項，交通部優秀成果獎22項，上海市及中交公司優秀成果獎25項。值得壹提的是，2007年度是公司成立以來獲部級以上（含）獎勵數量最多的壹年。僅此壹年，上海航道院***獲得部級以上（含）優秀成果獎10項，其中《長江口深水航道治理工程成套技術》獲2007年度國家科學技術進步壹等獎，《上海國際航運中心洋山深水港區壹期工程設計》、《長江口深水航道治理二、三期工程工程可行性研究報告》、《上海液化天然氣項目壹期工程接收站及輸氣管線項目工程可行性研究》等獲交通部優秀成果獎，《長江口深水航道南北港分汊口河段新瀏河沙護灘及南沙頭通道潛堤工程可行性研究》、《大蘆線航道整治壹期工程（臨港新城段）工程可行性研究報告》、《長江口南岸（五號溝-南匯咀）水域規劃線修訂研究》等獲上海市優秀成果獎。 多年來，我院悉心開展航道、疏浚、整治、填築及其配套專業等核心技術的研究、開發和應用，已初步形成了核心技術系列，例如：航道回淤研究；航道疏浚設計優化技術；港口及岸線規劃研究；泥土處理技術；土工織物及袋裝砂設計技術（已列入交通部有關設計規範中）；船舶交通管理控制系統技術；吹填築堤土質研究；沈管法隧道基槽設計研究技術；環保及景觀疏浚設計研究技術；潮流、風浪、泥砂測試和雙頻道測深；浮泥觀測技術及ADCP、DGPS應用技術；淺地層剖測和淺鉆相結合的工程地質勘察技術等。通過充分發揮科技優勢，不斷創新和持續改進，上海航道院業已形成沿海航道工程設計研究的專業特色，近年來業務水平始終保持行業領先地位。在知識產權方面，公司已取得了“土工織物袋”、“混凝土聯鎖塊軟體排”、“砂肋軟體排” 、“漿砌塊石立面和鋼筋砼墻體相組合護岸墻體”、“可多次充灌的大型充填袋”及“聯體式管狀充填袋”等10多項實用專利權， “軟土充填袋築堤反壓固化方法”已被國家知識產權局確認公布發明專利申請並正式進入實質審查程序。
近年來，隨著國內市場競爭的日益加劇，我院提出了“設計與施工聯動、海內外市場並重、建設國際型工程公司”的總體經營思路，國內外市場得到了進壹步開拓和鞏固。在國內，長江口流域、環渤海區域和內河生態領域的市場經過多年精耕細作在各方樹起了良好的口碑和形象，形成了國內市場“三足鼎立”的格局；在國外，非洲、拉美、中東等項目的相繼洽談和實施，形成了國外市場“多點開花”的良好局面，為打造國際型工程公司奠定了基礎。