關節外科，是在骨科-顯微外科醫學部屬下的主要專科,包括壹院本部關節專科和黃埔院區關節專科。開展各種常見關節疾患診治，應用先進的國內外新知識新技術對骨關節疑難雜癥進行積極診治，包括常見肩、肘、髖、膝關節的置換和翻修，難度大的復雜髖、膝關節置換和翻修，復雜先天性髖關節脫位的治療，各種關節及韌帶創傷的重建和修復，關節鏡的開展等。
心內科，開設心內病區、心監病區、心介入病區、心導管室、體外反搏室、心電生理室、無創檢查室及心實驗室等部門，承擔日常醫療任務，主持國家九五、十五科學攻關項目等壹批國家級及省級科研項目，培養包括博士生、碩士生、本科生、實習生、專科進修醫生等教學任務，定期舉辦心內急癥學習班和國家級繼續教育學習班等。 設備齊全，擁有國際壹流的動態心電圖、運動心電圖、心電生理檢測儀、同位素心血管檢測儀，先進的雙向X光心導管設備及華南地區首臺EnSite 3000 非接觸式三維電生理標測系統。 在介入性心臟病學方面，開展了冠狀動脈造影、冠狀動脈成形術、冠狀動脈支架植入術、冠狀動脈旋磨術、風濕性心臟病瓣膜擴張術、先天性心臟病PDA、ASD及VSD封閉術、腎動脈擴張及支架植入術。 在心電生理學方面，開展了心內電生理檢查術、房室結折返性及房室折返性心動過速、室性心動過速、房性心動過速、心房撲動以及心房纖顫的射頻消融術。在起搏器植入方面，開展了VVI、VDD、AAI、DDD、DDDR及抗心房顫動起搏器，還開展了埋藏式心臟除顫起搏器（ICD）及雙心室起搏器的植入。開發並擁有獨立知識產權的增強型體外反搏治療冠心病的技術，已在全球廣泛應用。
針灸科是中山壹院獨立的臨床科室，成立於1978年。擁有診室4個，治療床25張以及電針機、電磁波頻譜治療儀、電子灸療儀等壹批儀器。 科室主要承擔門診及住院病人的診療服務工作，運用的是祖國的中醫學理論，突出傳統的針灸特色，並結合現代醫學理論和科技成果。主要采取針刺、艾灸、火罐、梅花針、穴位註射、穴位埋線、刮痧、推拿等各種方法，在治療各種疼痛、各種功能性疾病和感覺、運動障礙性疾病方面具有獨特的優勢。針灸療法具有療效顯著、適應癥廣、操作簡便、經濟安全的優點，深受廣大人民群眾的歡迎。 主要的適應癥是：腦血管意外後遺癥、腦外傷後遺癥、小兒腦癱、脊髓損傷、面癱、感冒、哮喘、咳嗽、鼻炎、失眠、頭痛、眩暈、頸椎病、肩周炎、腰腿痛、骨關節炎、慢性胃炎、胃腸神經官能癥、腹瀉、便秘、呃逆、痛經、功能性子宮出血、慢性附件炎、遺尿癥、尿瀦留、術後腸麻痹、痤瘡、蕁麻疹、帶狀皰疹等。
中醫科，是集中醫、中西醫結合醫療、教學及科研為壹體的二級學科建制科室，當前擁有醫護技人員39人，其中教授（主任醫師）6人，副教授（副主任醫師）9人，講師（主治醫師）9人，住院醫師4人，護理人員9人，教輔員1人，技術員1人。醫生的知識層次較高，其中獲博士學位3人，碩士學位11人。 是廣東省綜合性西醫院中規模較大的中醫、中西醫結合診治、研究中心之壹，擁有多名在省內乃至華南地區本專業領域有壹定影響的中醫專家教授。中醫門診和正骨門診設有心血管、肝膽、胃腸、呼吸、腎病、腫瘤康復、老年病、風濕病、婦科、兒科、骨關節病等中醫專科，每天開設普通門診和專科門診，還開設大量的教授門診，正骨門診還提供手法復位、按摩、牽引及外敷等傳統中醫服務項目。中醫門診及正骨門診的中醫特色明顯，平均每天接診來之各地患者1200人次左右。
皮膚性病科，是集臨床、教學、科研為壹體的綜合性醫療單位，是國內教學醫院中規模較大、設備齊全、技術力量雄厚的皮膚性病學科之壹。 我科人才梯隊建設合理，具有正教授 2 人，主任醫師 2 人，副教授 2 人，副主任醫師 6 人，主管護師 5 人，主管技師 1 人，技師 2 人，護師 9 人。其中有博士導師 1 人，碩士導師 4 人。科室人員分別擔任廣東省皮膚學會常委，廣東省醫師協會皮膚分會常委，中華皮膚學會病理學組委員，中西醫結合學會治療學組委員，廣東省激光學會委員和廣東省過敏變態反應學會委員。 2006 年我科引進壹位在西方國家攻讀博士學位的皮膚科人才回國服務，擔任科室領導職位，大大加強了學科在醫教研三方面革新躍進的力度。開設皮膚普通門診、性病診療中心、激光、真菌性皮膚病、色素障礙性皮膚病（白癜風）、皮膚血管瘤、痤瘡、脫發（斑禿、男禿）、手部皮膚病、紅斑狼瘡以及銀屑病等 10 個專科。並設有固定的教授門診和坐班教授門診，每日出診教授 2-6 位，性病診療中心亦有固定的教授門診。門急診量超過 10 萬人，臨床診治準確度達國內先進水平。