重慶市畜牧科學院擁有“農業部種豬質量監督檢驗測試中心(重慶)”,“農業部西南設施養殖工程科學觀測實驗站”,“農業部養豬科學重點實驗室”,“博士後科研工作站”,“國家級品種資源保護場”,“國家產業技術體系綜合試驗站”等27個科技創新平臺。現有養豬、動物營養、經濟動物、食品加工、草食牲畜、家禽、獸醫、畜牧工程、蠶業、畜禽疫病與獸藥等10個研究所,信息中心、檢測中心、培訓交流中心等3個研發中心,與地方政府聯合組建了6個分院;
研究所:重慶市養豬科學研究所,重慶市畜牧科學院草食牲畜研究所,重慶市畜牧科學院獸藥研究所,重慶市畜牧科學院動物營養研究所,重慶市畜牧科學院經濟動物研究所,重慶市畜牧科學院畜牧工程與食品加工研究所,家禽研究所,重慶市畜牧科學院獸醫研究所,重慶市畜牧科學院蠶業研究所。
研發中心:重慶市畜牧科學院檢測中心。
分院:重慶市畜牧科學院武隆分院,重慶市畜牧科學院南川分院,重慶市畜牧科學院三峽分院,重慶市畜牧科學院酉陽分院。
市級重點實驗室:養豬科學重慶市市級重點實驗室。
科技孵化中心:中國重慶畜牧科技城科技孵化中心。
其他:重慶市畜牧科學院博士後科研工作站,重慶市原種豬場,農業部種豬質量監督檢驗測試中心(重慶),重慶市養豬工程技術研究中心。 “十五”以來獲得國家和部、省級科技成果獎71項,發表學術論文700余篇,出版專著43部,獲準知識產權32項,獲得專有產品證書148個。