重慶市畜牧科學院擁有“農業部種豬質量監督檢驗測試中心（重慶）”，“農業部西南設施養殖工程科學觀測實驗站”，“農業部養豬科學重點實驗室”，“博士後科研工作站”，“國家級品種資源保護場”，“國家產業技術體系綜合試驗站”等27個科技創新平臺。現有養豬、動物營養、經濟動物、食品加工、草食牲畜、家禽、獸醫、畜牧工程、蠶業、畜禽疫病與獸藥等10個研究所，信息中心、檢測中心、培訓交流中心等3個研發中心，與地方政府聯合組建了6個分院；
研究所：重慶市養豬科學研究所，重慶市畜牧科學院草食牲畜研究所，重慶市畜牧科學院獸藥研究所，重慶市畜牧科學院動物營養研究所，重慶市畜牧科學院經濟動物研究所，重慶市畜牧科學院畜牧工程與食品加工研究所，家禽研究所，重慶市畜牧科學院獸醫研究所，重慶市畜牧科學院蠶業研究所。
研發中心：重慶市畜牧科學院檢測中心。
分院：重慶市畜牧科學院武隆分院，重慶市畜牧科學院南川分院，重慶市畜牧科學院三峽分院，重慶市畜牧科學院酉陽分院。
市級重點實驗室：養豬科學重慶市市級重點實驗室。
科技孵化中心：中國重慶畜牧科技城科技孵化中心。
其他：重慶市畜牧科學院博士後科研工作站，重慶市原種豬場，農業部種豬質量監督檢驗測試中心（重慶），重慶市養豬工程技術研究中心。 “十五”以來獲得國家和部、省級科技成果獎71項，發表學術論文700余篇，出版專著43部，獲準知識產權32項，獲得專有產品證書148個。