(1)辦公室
負責機關日常工作的協調和監督；負責文電、信息、檔案、機要、保密、經濟宣傳等工作；承擔政務公開工作；負責財務管理和審計工作；負責內部行政、政府接待和安保後勤工作；辦理NPC代表和CPPCC委員的書面意見和建議。
(二)信訪辦公室
負責受理、承辦和監督信訪維穩和接待工作；指導中央在渝工業企業和直屬單位的信訪維穩工作；監督檢查直屬單位的社會治安綜合治理工作；研究分析信訪穩定情況，開展調查研究，及時提出改進政策和工作的建議。
(3)政策法規處(執法監督處、重慶市政府企業負擔監督管理辦公室)
貫徹執行本市工業、生產性服務業、信息服務業和信息化的法律、法規、規章和方針政策，制定並組織實施相關立法規劃和計劃。組織起草工業和信息化地方性法規草案；組織開展全市工業和信息化系統的行政執法工作；指導本市各類所有制企業依法治企，負責企業法律顧問的管理；組織實施本市各類所有制企業的企業負擔監督管理工作；負責規範性文件的審查、行政復議的受理和行政訴訟的應訴；推進機關和直屬單位依法行政和法制教育。
(4)研究室
組織實施新興產業體系、產業和信息化戰略研究；提出年度項目預算，管理委員會內的研究項目；參與研究本市國民經濟運行和產業發展的重大問題；組織實施戰略性、前瞻性研究，提出戰略思路和措施；承擔理論性、綜合性材料和工作報告的起草及重要文稿的審核；負責本市工業經濟信息網絡建設，承擔機關辦公自動化工作；收集和發布國內外經濟信息，指導本市工業經濟信息工作。
(五)經濟運行局(重慶市對口支援西藏工作領導小組辦公室、重慶煤炭調度辦公室)
負責監測、分析和總結工業、生產性服務業和信息服務業運行情況；協調解決經濟運行中的有關問題，提出政策建議；負責本市煤、電、油、運、氣等重點資源的平衡、協調和調度，幫助企業協調調度重點物資和原材料；定期檢查經濟運行的實施效果，進行預測、預警和信息發布；負責產業資金的協調和企業資金運營效果的監測，以及重點行業和企業運營的評價和重點企業的培育和遴選；承擔天然氣供應區域的劃分，負責CNG壓縮加氣站的選址審批和指導；規範全市煤炭經營市場管理，負責本市煤炭供需平衡和電煤、重點煤炭企業資源均衡調度；負責重點工業品的運輸協調和煤炭、鐵路運輸計劃的審批；承擔對口援藏項目的組織實施和援藏日常管理工作；負責應急物資儲備的管理、應急物資的生產組織和救援藥品、物資的調度。
(6)規劃投資處(產業政策處、重慶三峽庫區工業經濟發展辦公室、重慶市推進新型工業化領導小組辦公室、重慶市重點技術改造監督辦公室、重慶市三線企業調整搬遷協調辦公室)
研究擬定工業、生產性服務業、信息服務業和信息化建設發展戰略和規劃，會同有關部門制定專項規劃；負責編制和實施全市工業和信息化改造項目計劃，跟蹤重大投資項目的實施情況；負責工業投資項目的審批、核準和備案並組織實施；引導工業企業、金融機構和社會資金的投資；負責財政專項資金的安排和使用的監督檢查；指導工業投資項目招標，監督管理重大技術改造項目；指導區縣發展特色產業集群；綜合協調三峽庫區工業經濟發展，引導庫區優勢特色產業發展和城市移民生態工業園建設；協調三線企業調整搬遷。
宣傳貫徹國家產業政策，研究分析產業發展形勢，制定產業發展規劃；研究制定各行業的地方產業政策，提出產業發展方向，監督產業政策的實施；提出國家產業結構調整指導目錄的修訂意見；提出優化產業結構、所有制結構、企業組織結構和產業轉移的政策建議；率先推動淘汰落後產能。
(7)科技司
擬訂工業和信息產業領域技術創新和高新技術發展的戰略、規劃和政策；負責推進本市產業技術創新體系建設，引導產業技術創新和技術進步；協調推進國家和市高技術產業化重點項目、新產品認定、企業技術中心認定、重大技術裝備研發、傳統產業改造升級等工作；指導和推動行業標準化和質量管理；組織申報國家相關重大項目，推動項目實施；推進產學研合作和相關科研成果產業化。
(八)企業處(重慶市政府集體經濟管理辦公室)
研究提出中央對重慶市和各縣國有工業企業改革的總體思路和工作方針，推動企業結構調整，指導企業加強管理，建立現代企業制度；協調中央對重慶市、區縣國有工業企業的改制、關閉、破產工作；配合有關部門落實就業和再就業工作；組織實施分離企業辦社會職能工作；指導本市集體經濟企業的管理工作，研究提出有關政策和改革措施；負責直屬事業單位資產的財務管理；；指導相關行業協會和中介組織的工作；
(9)工業園區辦公室(民用爆破器材管理辦公室)
貫徹執行國家和本市有關工業園區規劃建設的方針、政策和法規；引導和平衡本市各類園區布局，協調和促進園區產業集聚；指導和推動本市工業園區的產業定位、招商引資、發展評價和功能轉換；負責本市工業園區設立和擴建的審查；負責本市工業園區的統計、考核和發展效果評估；協調落實工業園區相關優惠政策；負責指導本市縣域工業經濟和非公有制經濟的協調發展；負責對全市民用爆破器材生產和流通企業事業單位的安全生產進行監督檢查。
(10)生產性服務部(市場部、重慶市社會信用體系建設領導小組辦公室、重慶市創意產業發展領導小組辦公室)
制定並組織實施本市生產性服務業中長期發展規劃和年度計劃，參與制定相關配套政策、生產性服務業標準和規範性文件，引導和規範制造業服務業發展，促進服務業與制造業融合發展；協調相關處室推進生產性服務業重點領域發展，跟蹤推進生產性服務業重大項目建設，推進生產性服務業功能區和公共服務平臺建設；負責在制造領域實施品牌戰略；負責生產性服務業及相關基礎工作的分析總結，負責聯系國內外相關行業組織，組織參與生產性服務業和企業的調整重組；培育、發展和完善工業品市場體系，監測和分析工業品市場形勢，推廣本市現代工業品營銷方式和合作；負責本市創意產業發展的規劃、布局、組織和協調，推進本市創意產業基地和項目建設，提出創意產業專項資金安排意見；負責本市社會信用體系建設和信用體系建設的組織協調，培育和監管信用服務市場；承擔市社會信用體系建設領導小組辦公室和市創意產業發展領導小組辦公室的日常工作。
(十壹)對外經濟和外事辦公室(重慶市工業投資辦公室、港澳臺辦公室)
貫徹國家利用內外資的有關政策；負責管理工業、生產性服務業、信息服務業和信息化建設的國內外經濟合作與交流；負責本市工業經濟對外開放和招商引資工作；負責生產企業進出口和工業外商投資項目的綜合管理；組織企業開展國際化經營和海外投資；負責管理加工貿易、IT服務外包等新興產業利用外資工作；參與生產企業進出口政策的實施和協調；負責工業系統外事工作和因公出國(境)團組管理；負責全市產業損害調查和產業經濟保障工作；承擔與港澳臺的合作與交流；聯系工業系統的不同商會。
(12)環境與資源綜合利用司(電力局、重慶市節能辦、重慶市節能減排領導小組辦公室、重慶市三電辦、金辦)
制定並組織實施工業、生產性服務業、信息服務業和信息化領域節能、循環經濟、資源綜合利用和清潔生產促進的政策措施；指導、管理、協調和推進資源能源綜合利用，指導和推動節能監察、能效管理、能源合同、節能培訓、節能技術改造等工作，協調和推動企業“三廢”搬遷；組織實施相關重大示範工程和新產品、新技術、新設備、新材料的推廣應用；參與組織和協調工業環境保護；承擔市節能減排領導小組的日常工作；指導天然氣行業、節能、資源綜合利用等相關協會(學會)的工作。
制定並組織實施本市電力生產和使用年度、月度計劃，參與制定電力(含水電)行業規劃和相關扶持政策；實施行業管理、行政執法和監督；監控電力運行，平衡電力資源，指導和協調電力調度；參與制定電力安全法律法規，負責本市電力應急管理工作；負責電力市場統計和信息發布；負責供電營業區的劃分和管理，組織協調“三電”工作，監管電網調度，協調處理電網運行和電力生產、經營、使用中的重大問題；指導電力需求側管理、農村電氣化和電力行業協會；承擔市第三電力公司辦公室的日常工作。
(13)軍工總局
負責本市國防科技工業的綜合協調，組織編制本市國防科技工業發展規劃；負責軍隊經濟運行統計和軍隊保密資格考試發證的日常工作；負責本市船舶工業的管理，做好船舶工業的分析、總結等基礎工作，組織和參與船舶工業的戰略性調整和重組；負責船舶建造質量和安全監管；負責船舶工業重大項目建設和企業技術改造創新項目的行業審查；負責國防科技工業軍品貿易管理；監督管理武器裝備科研生產單位的國家安全、保密和保密工作；組織和指導軍民融合產業發展；組織和指導軍工單位的技術改造、利用外資和技術創新。
(14)軍工系統工程部
貫徹國家關於武器裝備科研生產的方針、政策和法規，保障軍工核心能力建設；負責國防科技工業企事業單位軍工科研生產的組織、協調、保障和監督；參與軍工企業固定資產投資和科研項目管理；負責民用企事業單位和軍工電子企業的軍工固定資產和科研項目管理；負責當地人口供養單位的相關統計工作，開展軍品暫免征收增值稅申報工作；負責軍工產品質量、計量、標準和國防科技成果管理；負責武器裝備科研生產許可管理；負責武器裝備的動員。
(十五)汽車工業部(重慶市政府汽車工業辦公室、重慶市汽車工業發展領導小組辦公室)
貫徹國家汽車、摩托車和道路機動車輛產業發展戰略和產業政策；組織擬訂本市汽車、摩托車行業中長期規劃和行業標準、法規的編制和審查，參與制定相關配套政策；負責本市汽車、摩托車工業服務業的發展規劃和協調管理，組織國內外市場推廣；負責與國家汽車、摩托車行業管理部門對口業務的銜接；負責本市汽車、摩托車和道路機動車輛生產準入、市場準入審核和產品認證的管理；負責研究制定本市新能源汽車產業發展規劃和推廣應用政策，對從事天然氣等新能源的汽車研發、生產、改裝、維修企業和產品進行資質認定和監督管理；組織審查汽車、摩托車行業的技術改造、基礎設施建設、合資合作項目；負責汽車、摩托車行業的分析和總結，做好汽車、摩托車行業發展的基礎工作；負責聯系國內外相關產業組織，開展招商引資工作；組織和參與汽車、摩托車行業和企業的調整和重組；指導行業協會和中介組織的工作；承擔市政府汽車產業辦公室和市汽車產業發展領導小組辦公室的日常工作。
(16)建築材料工業司
貫徹執行國家建材行業的產業政策、法律、法規和標準；擬定本市建材行業發展戰略和規劃，參與制定相關扶持政策；負責本市水泥企業實驗室合格證標準砂的受理、發放和監督；負責水泥行業比對驗證和檢驗的監督管理；發布建材行業信息，定期開展本市建材行業經濟運行分析；負責新技術、新產品在行業內的推廣和應用；負責建材企業投資建設項目的行業審查；負責建材行業的分析和總結，做好建材行業發展的基礎工作；負責聯系國內外相關產業組織，開展招商引資工作；組織和參與建材行業和企業的調整和重組；負責本市墻體材料革新工作；參與建材行業的體制改革；組織工業經濟技術合作與交流；指導行業協會和中介組織的工作。
冶金工業司
研究冶金行業發展趨勢，擬定行業發展戰略和規劃，提出行業產業結構調整意見，參與制定相關配套政策；參與行業投資、技術改造項目審核和技術進步與改造(包括環保初評和驗收)；負責行業節能降耗和淘汰落後產能及企業申報的審核和審批；指導企業執行產業政策，實施行業準入；負責本市鋼鐵和有色金屬產品生產許可證的預審；負責冶金行業的分析和總結，做好冶金行業發展的基礎工作；負責聯系國內外相關產業組織，開展招商引資工作；組織和參與冶金行業和企業的調整和重組；指導冶金行業協會、學會和社會中介組織。
(十八)裝備工業司
貫徹國家關於裝備產業發展的方針、政策和法律法規，促進機械、風力發電、軌道交通等裝備產業發展；制定並組織實施全市中長期發展規劃和年度計劃，參與制定相關扶持政策；指導、協調和組織實施重大技術裝備的國產化、自主化和首臺(套)應用；負責裝備工業的分析和總結，做好裝備工業發展的基礎工作；負責聯系國內外相關產業組織，開展招商引資工作；組織和參與裝備工業和企業的調整和重組；承擔市風力發電領導小組辦公室的日常工作。
(十九)消費品工業部(重慶市食品工業辦公室)
貫徹國家關於消費品工業發展的方針、政策和法律法規，重點促進輕工、紡織、食品、家電等消費品工業的發展；制定並組織實施本市消費品中長期發展規劃和年度計劃，參與制定相關扶持政策；組織實施行業規範和標準；監測和分析行業運行情況；參與行業技術改造和創新項目的論證和評審，促進行業結構的調整、優化和升級；參與食品安全和質量監督；負責本市傳統工藝美術的保護和發展及其專項資金的管理；承擔全市鹽業和國家食鹽儲備的管理職能；負責消費品行業的分析和總結，做好消費品行業發展的基礎工作；負責聯系國內外相關產業組織，開展招商引資工作；組織和參與消費品工業和企業的調整和重組；指導行業協會和中介組織的工作。
(20)化學與醫藥工業部(重慶市履約工作辦公室)
擬訂化工和醫藥行業發展戰略和規劃，促進產業結構調整和生產力合理布局，參與制定相關扶持政策；負責監管行業經濟運行情況；負責危險化學品生產企業設立和新擴建的審批管理；負責農藥行政保護和農藥生產企業審批點、農藥產品批準證書的審查監督；負責醫藥行業和中藥材生產扶持項目的管理；負責化學醫藥行業的分析和總結，做好化學醫藥行業發展的基礎工作；負責聯系國內外相關產業組織，開展招商引資工作；組織和參與化學醫藥行業和企業的調整和重組；指導行業協會和中介組織的工作。
(二十壹)工業安全綜合辦公室(應急管理辦公室)
擬訂工業、通信業、國防科技工業、工業園區、造船等行業安全生產應急管理制度、規定和措施，並負責組織實施；指導安全生產應急救援體系建設；指導安全生產應急救援預案的編制和演練；指導相關行業加強安全生產管理，指導重點行業排查治理隱患，參與重大生產安全事故調查處理；指導和協調安全生產應急救援工作；負責發布安全生產信息。
(22)電子制造部
負責本市電子信息產品制造業的行業管理，制定並組織實施本市電子信息產業中長期發展規劃和年度計劃，參與制定相關扶持政策；組織申報和推薦國家電子信息產業發展基金和國家科技專項電子信息產品制造項目，跟蹤和推進重大電子信息產品制造項目建設；組織推進電子信息產業基地、園區和公共服務平臺建設；負責管理信息產業發展專項資金，組織新產品研發和產業化推廣；負責電子信息產業的分析和總結，做好電子信息產業發展的基礎工作；負責聯系國內外相關產業組織，開展招商引資工作；組織和參與電子信息產業和企業的調整和重組；負責電子信息產品制造業的企業認定和產品認定。
(二十三)計算機和通信工業司
貫徹國家計算機與通信產業發展戰略和產業政策，制定並組織實施本市計算機與通信產業中長期和年度規劃，組織制定技術標準，參與制定相關配套政策；組織、協調和推動本市計算機及通信產業鏈發展；負責本市計算機產品認證等行業的管理；協調和指導計算機及通信設備產品的推廣應用；指導計算機及通信產業園的規劃和建設；協調處理計算機和通信產業發展中的重大問題；參與組織實施國家電子信息產業發展基金和國家重大科技專項中的計算機及通信設備產品項目；負責計算機及通信行業的分析和總結，做好計算機及通信行業發展的基礎工作；負責聯系國內外相關產業組織，開展招商引資工作；組織和參與計算機和通信行業及企業的調整和重組；指導相關行業協會的工作。
(二十四)軟件和信息服務司
貫徹國家軟件和信息服務業發展戰略和產業政策，制定並組織實施本市軟件和信息服務業中長期和年度規劃，參與制定相關扶持政策；組織推進軟件和信息服務基地、園區和公共服務平臺建設；負責軟件和信息服務外包發展專項資金項目管理，組織國家電子信息產業發展基金和國家科技計劃項目中軟件和信息服務項目的申報和推薦，跟蹤和推進軟件和信息服務業重大項目建設；負責軟件和信息服務業的分析和總結，做好軟件和信息服務業發展的基礎工作；負責聯系國內外相關產業組織，開展招商引資工作；組織和參與軟件和信息服務及企業的調整和重組；負責軟件企業認定、軟件產品註冊、信息系統集成資質認證和信息系統工程監理資質認證；組織推進軟件產品研發和產業化，推動信息服務外包、數字內容等信息服務業創新發展；指導軟件產業質量管理和標準化建設，推進軟件知識產權保護和法制化；指導相關行業協會的工作。
(二十五)社會信息化司(智能卡管理辦公室、重慶市信息化領導小組辦公室)
組織制定和實施本市信息化中長期規劃和年度計劃，參與制定相關配套政策、技術規範和標準；組織協調本市重點電子政務應用系統建設和重要公共信息資源開發利用共享，推進跨部門業務系統整合，推動信息系統運維業務剝離；推進電子口岸建設；負責市級建設財政投資信息化項目和市級預算單位信息化項目支出預算的預審，組織推進電子政務績效評價；引導和推動信息技術在社會事業、社區管理服務、城市建設、交通管理等社會領域的應用；組織實施全民信息素質和能力提升工程；組織制定本市IC卡應用規劃和技術標準，推進城市壹卡通系統資源整合；負責社會信息化領域投資的分析和總結，做好社會信息化領域的基礎工作；負責與國內外相關機構的聯系；組織和指導重大智能卡項目的實施；協調推進本市集成電路卡和非銀行卡的應用和管理；承擔市信息化領導小組辦公室的日常工作。
(二十六)經濟信息辦公室
根據全市經濟發展規劃，制定全市農業信息化、工業信息化和電子商務中長期和年度規劃，參與制定相關配套政策、技術規範和標準；研究制定經濟領域信息系統運維業務剝離的政策措施；負責統籌城鄉信息化試驗區建設，指導區縣信息化工作；負責國家級信息化和工業化融合試驗區建設，加快工業設計、制造、流通領域信息技術應用，提升改造傳統產業；負責國家移動電子商務示範區建設，推進電子商務應用；負責組織和推進本市經濟領域的重點項目和信息資源建設；負責經濟信息化領域投資的分析和總結，做好經濟信息化領域的基礎工作；負責與國內外相關機構的聯系。
(二十七)信息安全協調辦公室
貫徹國家信息安全政策，組織協調本市信息安全體系建設；協調推進信息安全等級保護等基礎工作；指導和協調信息安全評估、應急響應和數字認證；負責信息網絡安全技術、設備和產品的監督管理；配合相關部門處理網絡和信息安全問題
所有重大事件；負責信息安全技術的引進、開發和創新；推進信息安全產品基地建設。
(二十八)信息基礎設施司
制定並組織實施本市信息基礎設施建設中長期和年度規劃，參與制定相關扶持政策；率先推動電信、廣播電視和計算機網絡的融合發展；推進“三網融合”體系建設和制度創新；配合有關部門推進重大信息基礎設施項目建設；組織和指導有關部門對通信管道、公用通信網(有線和無線)和專用信息網進行規劃並承擔相應的管理工作；協調電信市場中涉及公眾利益的重大問題；負責跨行業、跨部門社會服務網絡的互聯互通；負責本市重大公共信息服務平臺的規劃和建設。
(二十九)無線電管理局(重慶市無線電管理委員會辦公室)
負責無線電頻率資源的規劃、審批和管理；審批本市無線電臺(站)建設規劃，指配無線電臺頻率和呼號，發放無線電臺執照並實施年度驗證；協調處理本市行政區域內軍民之間無線電頻率使用、無線電臺設置、重大無線電幹擾查處等無線電管理事項；負責組織、協調和指導本市行政區域內的無線電監測、檢測和幹擾調查工作；負責本市無線電管理的執法監督，協調處理電磁幹擾，維護電波秩序；依法組織實施本市範圍內的無線電管制；負責本市駐華機構、駐華團體、客商等外國用戶設置、使用無線電臺和攜帶、攜帶無線電設備入境的審批；負責本市無線電管理的協調工作，負責本市無線電機構和無線電技術支持機構的監督管理；負責組織本市無線電技術基礎設施的規劃、建設和管理；依法負責征收無線電管理相關費用；負責本市無線電發射設備研制、生產、進口和銷售的監督管理；指導無線電管理和其他相關協會(學會)的工作；承擔市無線電管理委員會辦公室的日常工作。
(30)教育和培訓部
擬定本市工業經濟系統管理幹部和工業企業管理人員的培訓計劃和相關扶持政策，負責企業工商管理培訓基地建設、培訓機構(或機構)資質審查和培訓質量評估；組織實施國際合作培訓和人才交流；負責直屬院校的教育管理、改革發展、師資隊伍建設和業務交流；負責全國計算機技術和軟件水平考試；承擔本市信息技術管理人員專業水平考試；負責中澳職業教育汽車產業協調委員會的日常工作；指導工業、交通和職業教育協會的工作。
(三十壹)組織幹部處(人事部、引進智力辦公室、團委、重慶工業系統協會指導辦公室)
負責政府官員的人事、勞動、福利和組織管理；負責黨的工作、領導班子建設、幹部人事勞動管理；負責直屬單位和團的工作；負責本市工業系統人事工作和高中級煤炭工業、工程中級職稱評審工作，指導工業系統專業技術人員管理工作；參與人力資源開發和產業經濟專業人才的發展規劃和人事、勞動、保險、分配、獎勵等政策法規的制定；做好人才引進和培養工作；負責本市工業系統協會(學校、企業)的管理，促進協會(學校、企業)的發展。
政府機關黨委(政府機關工會)
負責機關黨群工作。
退休人員辦公室
負責離退休人員的日常管理和服務；指導委機關及直屬單位離退休人員的管理工作。