（壹）辦公室
負責處理機關日常政務以及綜合協調有關事項；負責對外協調和接待工作；負責農業辦公自動化系統、機關電子政務建設與管理；負責文秘、檔案、信訪、機要、保密、政務信息、目標管理及綜合服務工作
（二）研究室（掛市委農村工作領導小組辦公室、市農村固定觀察點辦公室牌子）
負責全市農業和農村工作政策研究；開展農村改革和發展重大問題的調查研究，提出新農村建設、農村改革和發展的政策性建議；承擔全市農業、農村工作及重要會議等文字材料的起草；承擔市委農村工作領導小組辦公室的日常工作。
（三）組織幹部處
負責市級農村工作系統黨的組織建設和基層黨委設立的相關工作；參與農村基層黨組織建設；負責本系統領導班子建設和幹部隊伍建設；負責本系統處級領導幹部的選拔、監督管理等工作；負責機關和所屬單位統戰、群團工作。
（四）宣傳處
宣傳黨在農村的路線方針政策，參與農村思想政治工作、精神文明建設；指導協調市級農村工作系統的宣傳、思想政治、精神文明建設工作；負責本系統思想政治工作、精神文明建設、農業新聞宣傳等工作。
（五）法規處
起草農業、農村工作地方性法規和規章；負責行政執法工作的指導、協調、監督；承辦行政復議、行政訴訟、行政賠償等法律事務；承擔行政執法檢查工作。
（六）發展計劃處
擬訂農業和農村經濟發展戰略和農業中長期發展規劃、年度計劃、專項計劃並監督實施；指導協調農業農村各產業間的結構調整和綜合平衡工作；組織擬訂農牧漁業固定資產投資、技術改造、支持糧食生產貼息貸款和名特優農牧漁業生產基地補助等項目的計劃、規劃；
指導農業資源區劃、農業產業化發展工作；負責“千村推進百村示範工程”建設工作；承擔相關對口支援工作。
（七）財務處
負責編報和執行部門財政預算；負責財政支農專項資金的銜接協調和農業基本建設項目資金管理；負責機關財務工作；負責本系統國有資產管理；指導農牧漁業良種場（站）經營管理；指導本系統經濟實體工作及經濟體制改革等工作。
（八）農村經濟體制與經營管理處
研究農村經濟體制改革和農村經濟動態；負責農業社會化服務體系的改革與建設；負責農村集體經濟組織、合作經濟組織、農村經濟統計、財務會計、資產管理的指導工作；指導農村土地承包、耕地使用權流轉和承包合同管理等工作；負責農民負擔的監督管理工作。
（九）農產品質量安全監管處（應急管理辦公室、重慶市綠色食品管理辦公室）
擬訂農產品質量安全發展戰略、規劃和計劃並組織實施；承擔組織開展農產品質量安全風險評估和提出技術性貿易措施建議的工作；承擔組織開展農業標準化相關工作；承擔農產品質量、農業生產資料安全監測、監督抽查和信息發布工作；承擔組織、指導農業檢驗檢測體系建設和機構考核工作；指導農業質量體系論證管理，組織化肥、農藥、種子等產品的質量監督、檢驗、登記；負責無公害農產品、綠色食品和有機農產品管理工作；承擔農業系統安全生產管理工作。
（十）市場與經濟信息處（掛市綠色食品管理辦公室牌子）
提出大宗農產品和農業生產資料的流通及價格政策建議；指導農業部門信息系統建設，負責農業統計和農產品市場預測、預警，定期發布農業和農村經濟信息，引導農業和農民進入市場；指導農產品市場準入管理，負責組織開展打擊假冒偽劣農業投入品工作；組織農業各產業的質量認證和重慶名牌農產品認證工作，實施農業名牌戰略；指導協調農產品貿易工作。
（十壹）農業生態與農村能源處（重慶市人民政府農村能源辦公室）
擬訂農業生態環境保護和可再生能源建設的規劃並組織實施；承擔農用地、漁業水域、草原、草山草坡、宜農灘塗、宜農濕地及農業生物物種資源保護和管理的協調監督工作；負責外來入侵生物防治管理工作；組織實施生態農業建設試點和推廣；組織開展農業生態環境監測、基本農田保護區的環境質量監測和農業汙染事故調查；負責農村可再生能源綜合開發與利用和節能工作。
（十二）糧油作物發展處
提出促進糧油生產發展的政策措施建議；擬訂糧食、油料生產發展戰略、規劃和年度計劃並組織實施；提出糧油發展的重大技術措施，指導糧油結構和布局調整，提出糧油階段性生產管理的建議；負責糧油生產區域開發和商品糧油基地建設；負責農情信息和農業災情信息編報，負責組織救災備荒農用生產資料的儲備與調撥；組織糧油種子及其資源的品種審核；提出耕地保護、補償與改良政策措施並監督實施；管理農業植物對內檢疫工作；負責基層農技服務體系建設；承擔糧油質量安全管理工作。
（十三）蔬菜發展處
擬訂蔬菜產業發展規劃和年度計劃並組織實施；擬訂蔬菜生產的總量平衡、結構調整、區域開發、基地建設、蔬菜加工的規劃並組織實施；承擔蔬菜生產新技術、新品種的引進推廣；負責蔬菜市場產銷信息的收集、整理和發布，指導蔬菜生產、營銷體系建設；承擔蔬菜質量安全管理工作。
（十四）特色經濟發展處
擬訂特色經濟發展戰略、中長期發展規劃、年度計劃並組織實施；提出特色經濟發展的重大技術措施；指導特色經濟結構、布局的調整；負責提出特色經濟生產資料需求計劃；指導協調柑桔等特色產業的相關工作。
（十五）畜牧業發展處（重慶市飼料工業辦公室）
研究制定畜牧業發展戰略、中長期發展規劃、年度計劃並組織實施；研究擬定畜牧業、飼料工業的地方性法規、行政規章；研究提出畜牧業發展的重大技術措施；組織擬定飼料及飼料藥物添加劑的地方標準並監督實施；主管畜禽良種生產、品種資源管理；組織實施畜產資源、草地資源的保護工作；負責畜牧業結構與布局的調整及飼料飼草資源的開發利用工作和飼料藥物添加劑生產、經營審批的有關工作，負責飼料工業的行業監督、產品質量安全管理和生產經營審批的有關工作；指導飼料工業企業的技術改造。
（十六）獸醫醫政藥政處
擬訂獸醫獸藥行業發展規劃並組織實施；提出獸醫藥發展的重大技術措施；組織擬訂獸醫衛生技術規範並組織實施；負責獸醫醫政與獸藥藥政和相關行政審批工作，以及動物和獸藥殘留監控工作；負責漁用藥物、漁用飼料的生產管理工作；負責官方獸醫、執業獸醫及其他獸醫從業人員的培訓、資格認定、行為規範、醫德建設和管理工作；擬訂醫療機構管理辦法並監督實施；負責獸醫實驗室生物安全管理；負責基層獸醫服務體系建設。
（十七）動物防疫檢疫處（重慶市防治動物重大疫病指揮部辦公室）
負責動物防疫、衛生監督、產品檢疫工作；擬訂動物疫病預防與控制、動物及動物產品檢驗檢疫、衛生監督等有關工作規劃、計劃、制度、管理辦法和技術規範並組織實施；依法監督管理動物疫病防治工作，負責動物疫病防疫應急物資管理；擬訂動物重大疫病防治預案並組織實施，負責組織控制和撲滅動物疫情；負責動物疫情管理工作，組織動物疫情監測、診斷、報告、調查、分析、評估及發布工作，提出預警措施和政策建議；組織實施動物及動物產品標識、可追溯管理、檢驗檢疫出證等監督管理工作。
（十八）漁業發展處
擬訂漁業生產、水生野生動植物資源和生態環境保護發展戰略、中長期發展規劃、年度計劃並組織實施；提出漁業發展的重大技術措施，保護和合理開發利用漁業資源，負責漁業疫病防治；指導漁業結構調整和生產布局，主管漁業良種生產、品種資源管理；負責管理漁業資源和水生野生動植物資源；擬訂地方漁業船舶及船用產品質量標準並監督實施；負責漁業機械、漁用網具的生產管理等工作；承擔水產品質量安全、漁業技術服務體系建設、漁業船舶安全管理工作。
（十九）對外合作處
擬訂開放型農業發展戰略、中長期規劃，指導協調農業對外開放工作；調研國際農業發展動態，管理農業外事、外經業務，承辦農業援外任務；組織協調農業招商引資，負責農業對外經濟技術交流與合作；負責農業國際合作項目的論證、初審並組織實施；承擔國際農業項目包括市川東北農業綜合開發項目管理等工作。
（二十）科技教育處
擬訂農業科技教育發展規劃；指導協調農業科研、農業教育和科教興農工作，推廣農業先進適用技術；指導協調農業技術服務體系建設；負責農民技術職稱評定，牽頭開展農村實用人才相關工作；組織協調重大科研項目的攻關、技術開發與示範推廣；負責轉基因農業管理工作；負責農業科技成果管理、農業知識產權保護和農業植物新品種保護等工作。
（二十壹）審計處
承擔對機關和所屬單位財務收支的審計監督工作；
受組織部門委托對離任領導幹部進行經濟責任審計。
（二十二）人事勞動處
承擔人事、機構編制等工作；負責農業系統專業技術職務評審工作；指導農業行業特有工種的職業鑒定工作；承擔農業勞模的評選、表彰工作；負責人才規劃、教育培養工作。
機關黨委負責機關和所屬單位的黨群工作。
離退休人員工作處負責機關離退休人員管理工作，指導所屬單位的離退休人員工作。
（二十三）重慶市農機管理辦公室下設3個職能處：
1．農機綜合處。
擬訂農機產業政策、中長期發展規劃和年度計劃；負責文秘、會務、檔案和農機系統政務督辦工作；負責組織收集、預測、發布農機行業的經濟技術信息；負責農機化目標管理、對外交流和宣傳工作。
2．農機裝備處。
擬訂農業機械科學研究、技術攻關、示範推廣規劃和年度計劃；提出農機裝備的重大技術措施建議，負責指導農機產品結構調整；組織農機化重點科研、技術攻關、關鍵機具設備開發、技術推廣項目的立項審查；組織實施農機化新技術新機具推廣、農機產品的質量監督管理；承擔國家支持推廣的農業機械產品目錄推薦工作，擬訂市級農業機械購置補貼目錄；負責拖拉機培訓學校的資格審批，擬訂農機使用管理、駕駛操作人員、農機化技術的培訓規劃和有關規章制度並組織實施。
3．農機監管處。
負責重大農業機械化生產活動的組織協調工作，指導農機化項目的實施；負責提高農業機械化的普及和應用水平；擬訂農機服務體系建設的政策措施，指導農業機械應用管理和基層農機服務組織建設；擬訂農機作業規範和技術標準並組織實施；負責農機安全、抗災救災和農機維修網絡的行業管理工作；承擔農機化統計工作，提出農機用油供應和價格政策的建議。