專利電子申請流程如下：（1）首先辦理用戶註冊手續，獲得用戶代碼和密碼；（2）登錄電子申請網站，下載並安裝數字證書和客戶端軟件；（3）進行客戶端和升級程序的網絡配置；（4）制作和編輯電子申請文件；（5）使用數字證書簽名電子申請文件；（6）提交電子申請文件；（7）接收電子回執；（8）提交申請後，可隨時登錄電子申請網站查詢電子申請相關信息；（9）通過電子申請系統接收通知書，針對所提交的電子申請提交中間文件。2.註意事項：經國家知識產權局審核通過，專利授權後應及時將專利證書交科技處備案歸檔，因未及時歸檔引起的分歧由發明人/證書持有人負責。
法律依據：《專利法》
第三十四條 國務院專利行政部門收到發明專利申請後，經初步審查認為符合本法要求的，自申請日起滿十八個月，即行公布。國務院專利行政部門可以根據申請人的請求早日公布其申請。
第三十五條 發明專利申請自申請日起三年內，國務院專利行政部門可以根據申請人隨時提出的請求，對其申請進行實質審查;申請人無正當理由逾期不請求實質審查的，該申請即被視為撤回。
國務院專利行政部門認為必要的時候，可以自行對發明專利申請進行實質審查。
第三十六條 發明專利的申請人請求實質審查的時候，應當提交在申請日前與其發明有關的參考資料。
發明專利已經在外國提出過申請的，國務院專利行政部門可以要求申請人在指定期限內提交該國為審查其申請進行檢索的資料或者審查結果的資料;無正當理由逾期不提交的，該申請即被視為撤回。