(壹)專利權自身的特性增加了專利權質押貸款的風險
專利權所固有的無形性、時間性、地域性及法定授權性等特點，增加了影響專利權質押貸款的不穩定的因素，使得專利權作為質押標的具有某些“先天不足”。
專利權作為知識產權中價值最不穩定的標的，法律上對專利權有很多規定，比如撤銷程序、無效程序、異議程序；專利權人如未按時交納專利權年費，也存在被撤銷的風險；同時，專利權還很容易被牽扯到專利權侵權訴訟、專利權屬訴訟及專利權行政訴訟等專利權糾紛當中，這些都無形中增加了專利權價值的不穩定性。另外，因為專利權是典型的無形財產，是壹種信息，所以專利權質押無法適用壹般有體物的轉移占有的規定，專利權質押的設定不需以轉移質物占有為要件，這在壹定程度上也增加了專利權質押貸款的風險。
(二)專利權人的信用意識偏低
首先，誠實信用原則作為民法的基本原則，被各國民法奉為“帝王條款”。但我國專利權法並未將誠實信用原則規定在總則部分，這樣專利權人在專利的申請審批階段，部分專利申請人只想獲得專利權，但卻不將關鍵技術信息公布於眾，在專利說明書中不如實書寫專利的技術信息，這樣的專利權日後在進行專利權質押貸款時，無論是專利權的價值評估階段，或是專利權質權的實現階段，都有更大的不確定性，增加了專利權人的風險。
其次，由於專利權質權的設立不需要轉移占有，專利權還是由專利權人占有和使用，這就更要求專利權人具有較高的誠信意識，積極地維護專利權質權人的利益，對專利權進行有效的管理和使用，以保障專利權質權人的權利能得以實現。但是目前，我國整體上信用意識偏低，企業之間專利權侵權的情形時有發生，加上專利權人的權利意識不強，在這種情況下專利權人信用意識的缺乏會使專利權質押權人要承擔更大的風險。這在壹定程度上也消減了金融機構開展專利權質押貸款業務的積極性。
(三)專利權的價值難以確定
因為專利權質押的標的是專利權，具體包括發明、實用新型及外觀設計。其中專利權質押多以發明專利為質押標的，而發明專利其客體本質上是深奧的技術方案，並且專利權不像壹般產品那樣，存在壹個社會必要勞動時間，因此不能通過簡單計算獲得某壹專利權的物質消耗和時間消耗成本來得出專利權的價值。目前我國沒有專門的關於專利權價值評估的準則和法規，實踐中，專利權價值評估機構在進行專利權價值評估時大多都是套用有形資產評估的方法進行，有時甚至還因為所采用的評估方法不同，所得出的評估價值相差很大，這樣壹個缺乏權威性的價值評估結果顯然是很難令銀行接受的。因此，專利權價值評估難是制約專利權質押貸款的第壹道瓶頸。
(四)專利權難以變現
專利權質權是壹種優先受償權，專利權質押人屆期不能清償銀行貸款的，銀行可以將專利權變現，並就所得價款優先受償。雖然我國近年已逐步建立了壹批國家專利技術展示交易中心，但是，專利權對技術、設備要求較高，質權的實現還是比較困難，有時甚至可能發生質押的專利權因為缺乏專利交易的市場而壹文不值的情況，這嚴重危及貸款銀行的貸款利益甚至可能導致銀行貸款不能收回。所以專利權質權實現難是制約專利權質押貸款的第二道瓶頸。
(五)缺少風險***擔運作機制
科技中小企業作為典型的“三高”企業，集高風險、高收益、高成長於壹身，高風險是其特征之壹。並且，科技中小企業由於受自身規模小、可供抵押的有形資產少，銀行不願將資金貸給科技型企業。筆者認為，專利權質押貸款除了因為市場經濟的需求之外，政府在政策上的協助與支持，也是專利權質押貸款是否能夠順利推行的壹項重要因素。2005年發布的《國家中長期科學和技術發展規劃綱要(2006—2020)》早已明確提出，要“實施促進創新創業的金融政策，建立健全鼓勵中小企業技術創新的知識產權信用擔保制度”。在專利權領域，知識產權信用擔保制度又可稱為專利權質押制度。隨後，各級人民政府相繼采取了包括給予專利權質押貸款貼息在內的若幹制度，但是總體成效不大。歸結其原因，雖然地方政府盡力推進專利權質押貸款業務的開展，但是銀行等金融機構鑒於專利權質押貸款風險較大，對該業務並不熱衷。專利權質押貸款風險大，又沒有建立起風險***擔的運作機制，所以專利權質押貸款出現眼下此種困境也是意料之中的事情。由此可知，缺少風險分擔機制是制約專利權質押貸款的第三道瓶頸。