辦公室
負責商聯會的文秘、行政、人事、勞資、財務、公關、接待、後勤事務，以及綜合協調、檢查督辦工作；負責會長辦公會議、會長常務會議的籌備組織工作。
宣傳部
負責商會官方網站、官方報刊和工作簡訊的管理和運營；負責網絡設備的正常運行和維護；負責商會大事記、對外宣傳資料的收集、撰寫和編輯；負責商會與各級黨委和政府宣傳主管部門及中外新聞媒體的聯系溝通；牽頭籌辦商會及秘書處新聞發布會，並策劃組織其它重要對外宣傳活動。
會員部
牽頭負責商聯會的會員發展、會員活動、會員走訪、會員服務、會員意見征詢反饋和會費收繳工作；團體會員的日常聯絡和對口服務工作；會員大會（會員代表大會、理事會、常務理事會）的籌備組織工作；代表秘書處指導協調駐順德辦、企業家健康服務中心、人力資源服務中心和廣東商聯人力資源公司的工作；會同合作部、國際部組織會員企業進行國內外商務考察。
合作部
負責商聯會經貿合作、區域合作工作，會同會員部、國際部組織會員企業參加各級政府和商（協）會舉辦的經貿考察、經貿洽談、項目推介和項目對接等活動，推進會員之間的多種形式合作，為會員企業的對外投資和招商引資提供綜合服務；承擔投資中介分會秘書處的日常工作，整合全省投資中介服務資源，收集、整理、發布國內外投資需求信息，建立全省性投資中介服務體系和國際性的投資商工作網絡，承接政府和企業委托的招商代理、項目論證及專項工作；代表秘書處指導協調投融資與擔保服務中心的日常工作。。
維權辦
會同法律部宣傳貫徹國家和省的相關法律、法規和規章，組織關於企業維權的專業培訓和理論研討；通過各種途徑向政府反映會員和企業維護自身權益的合理要求；受理商會會員和相關企業的維權申請；組織推薦法律中介機構承接會員或企業的訴訟委托。牽頭組織開展行業維權和行業自律活動；接受政府部門委托的與企業維權有關的業務。
會展部
負責承辦商聯會主辦（或聯合主辦）的重點展會，承接政府委托商聯會承辦或協辦的各種展會；承擔“會展協作專業委員會秘書處”的日常工作，推進全省會展業的資源整合與相互合作，代表商聯會履行中國商聯會“會展聯盟”副主席單位的權利與義務；配合政府部門推進會展業的行業管理和行業自律，組織專家開展會展經濟專題調研；及時向政府反映會展企業呼聲，維護會展行業的合法權益；會同國際部組織會員企業出國參展參會，代表秘書處指導廣東博浩展覽有限公司的工作。
國際部
負責商會的外事、外聯、外經工作，代表商聯會與各國駐華領事館、駐華商務機構、駐華商會，以及外國商會和港澳臺商建立經常性工作交流關系，組織會員企業赴境外參加國際會展、商務考察、技術交流和專業培訓，為會員企業參與國際合作提供服務；配合會展部、合作部邀請國際采購商、投資商參加各級政府和商會（協會）舉辦的博覽會、洽談會以及商務考察，接受政府和企業關於吸引外資的委托；代表秘書處指導外商服務中心工作，為來廣東以及其他地區采購商品和投資辦企業的外商、港商、澳商、臺商提供綜合服務。
行業部
負責商會的行業工作，宣傳貫徹國家和省的行業法規；組織專家配合政府開展行業調查、行業規劃、行業認證和行業標準制訂工作；承接政府委托的行業管理工作和行業龍頭企業的培育工作，向政府提出優化產業結構的政策性建議；引導會員企業搞好行業自律，組織企業參加國家級、省級品牌評比活動，反映行業呼聲，維護行業的合法權益。
培訓部
負責商聯會的企業培訓工作，通過舉辦多種類型的培訓班，推進全省企業的在職教育。重點辦好與中央黨校合作的“廣東優秀企業家研修班”，以及以企業中高層管理人員為主要對象的EMBA研修班，以解決企業生產經營中重點難點問題為目標的“現代企業大講堂”，以資格證為目標的崗位技能培訓班、職業經理人培訓班，以及政府部門委托承辦的各種專業培訓班。同時，根據省內人力資源需求，積極探索和推進與中外高校合作舉辦新專業的學歷班，或組織企業赴國外高校進行對口培訓。
法律部
負責商聯會的法律文件起草、法律知識培訓、法律咨詢、法律顧問等項工作，並為企業重組改制、兼並收購、上市融資、對外合作提供專項法律服務；配合處理商會“維權辦”的維權申請，組織維權活動；指導秘書處屬下反傾銷及337調查法律援助中心和知識產權法律服務中心的日常工作，承接國際貿易摩擦和知識產權糾紛的重大案件。
信息部（萬家視頻工程辦公室）
信息部主要職能是為會員提供信息化咨詢服務。目前，信息部作為“萬家視頻電子商務服務工程”（簡稱“萬家視頻工程”）的執行部門，主要負責“萬家視頻工程”在全省範圍內的宣傳、推介等工作。
“萬家視頻工程”得到了廣東省經濟和信息化委員會、廣東省中小企業局的支持，由廣東省商業聯合會信息部和廣州博縱信息科技有限公司***同組織實施。目前，“萬家視頻工程辦公室”已經在廣州、中山、東莞、佛山、惠州、江門等地設立分部，為中小企業提供“萬家視頻工程”的相關政策、信息咨詢等服務。
會刊編輯部
會刊編輯部於2009年7月正式成立，主要負責商聯會的會刊《粵商之星》的編輯出版工作。發布商聯會、會員單位、聯盟城市、產業聯盟的重大活動與經貿合作信息及招商引資項目；報道經濟社會熱點新聞；對社會經濟熱點問題進行評述；推介傑出的粵商人物和優秀粵商企業及品牌。負責組織、策劃和實施與會刊相關的宣傳推廣活動。
駐順德辦事處
“辦事處”旨在加速廣佛區域合作與協調發展，協助商聯會在佛山、中山、珠海、江門等地區開展工作，提升整個珠三角的對外競爭力。基本職能是：
1、發展會員；
2、組織活動；
3、經貿合作；
4、商務考察；
5、展覽展銷；
6、專題調研、學術交流、教育培訓；
7、完成商聯會指派的其它工作。