1、用途不同：
專用條款是對通用條款的具體化、補充或修改，是必備的配套條款，不能缺少，否則通用條款和公路行業準專用合同條款就不完善。
通用條款是根據法律、行政法規規定及建設工程施工的需要訂立，通用於建設工程施工的條款。
2、內容不同：
發包人認為需要進壹步具體化的條款，或根據本地區特點或慣例需增列或刪除的條款，例如優質工程的獎勵條款、承包人人員、設備不到位時的違約處理辦法條款等，也在專用合同條款列出。
通用條款是所有相同版本的建設工程施工合同***有的內容，專用條款是簽訂合同的雙方針對合同項下的那個工程或者項目所作的有針對性的、不同於通用條款或者將通用條款予以細化的特別約定。
3、解釋順序不同：
專用條款的解釋順序優於通用條款，必須雙方特別約定，才具有法律效力，否則不能作為結算依據；
項目專用合同條款是在通用合同條款和公路行業標準專用合同條款中明確指出要在專用條款或數據表中予以具體規定的數據、信息或與工程所在地具體情況有關的規定（如異常氣候條件），項目專用條款數據表是合同條款的組成部分。
百度百科-專用條款
百度百科-通用條款