（1）科研滯後，產品檔次低
有些地方科研滯後於生產，科研脫離於生產，關門搞科研，埋頭抓生產的現象仍然突出，使育種水平、栽培技術仍停留在較為原始的水平上，忽視了知識的更新和品種的改良，總產量上去了，但轉化率低，品質不優，加工水平低，產品的市場適應能力差。
（2）分散發展，無序經營
很多地區的食用菌業是以農民自發生產經營為基礎的，因此缺乏根據當地資源合理配置的區域化布局，缺乏統壹協調和宏觀調控手段。壹些政府部門為了短期出成績，急功近利，盲目追求規模，不顧當地資源和氣候、技術條件和市場適應能力，結果造成轟轟烈烈上馬，又無聲無息下馬，使農民怨聲載道；在流通領域內，無穩定暢通的渠道，缺乏有序的經營管理和有效的信息服務，使產供銷不能很好地銜接。有些地區，這種盲亂無序的狀態尤為突出，妳搞什麽品種，我也搞什麽品種，妳在哪裏收購，我也緊隨其後，妳爭我搶，壹會兒相互擡價，壹會兒又互相壓價。產品多了就疾聲呼呼大砍特砍，產品少了就鼓動農民大上特上，結果搞得商家或大哭大笑，或兩敗俱傷，菇農也終日惶惶，不知今後種什麽好，最終受害的還是菇農。
（3）沒有標準，缺乏品牌及知識產權保護意識
長期以來，有些地區的食用菌栽培和加工技術落後，產品沒有采用國際通用標準，也沒有建立自己的行業標準體系。人們只為關心產量多少，產值多少，卻忽視了轉化率和加工產品質量、檔次的提高。產品如此，技術、菌種、物資、設備、生產同樣缺乏標準。大量的劣質產品充斥市場，僅有的優質品又缺乏品牌包裝和保護，品牌意識的淡漠，加之對知識產權保護的欠缺，假技術、假信息、偽劣菌種、偽造設備充斥市場、魚目混珠、屢見不鮮，致使技術密集型的食用菌業，其科研卻在低水平上徘徊。我國加入WTO後，這種現象的解決迫在眉睫、勢在必行。
（4）缺乏行業合作和產業龍頭
行業內部以自我為中心，各自為政，不講配合，形不成拳頭，形不成合力。重復科研，重復生產，競相比價，互相拆臺。據統計，全國現有大大小小幾萬個菌種場，上萬個加工廠，這樣壹個龐大的隊伍沒有核心、沒有標準、沒有規劃、沒有管理，菌種及產品質量低劣可見壹斑，必然會出現坑農害農等欺騙行為。這種欺騙行為在菌種出售、技術推廣、產品回收等領域表現得更為突出。究其原因，作者認為是當地缺少主管部門的管理和龍頭企業的主導，造成科研膚淺、生產分散、競爭無序、管理混亂。由於企業不占核心主導地位，技術創新遲緩，抵禦市場風險能力差，產品深加工上不去。