馮曉青教授主持或者作為主要成員參加的重要項目如：
（1）國家社會科學基金重大項目：“國家知識產權文獻及信息資料庫建設研究”（10&ZD133，2010-2015，首席專家）；
（2）國家社會科學基金項目：“我國企業技術創新與知識產權戰略融合的法律運行機制研究”（08BFX071, 2008-2013，項目負責人）；
（3）教育部留學回國人員科研啟動基金項目:“知識產權法的利益平衡理論研究”（2006-2009，項目負責人）；
（4）教育部新世紀優秀人才支持計劃項目：“企業知識產權管理研究”（2010-2012，項目負責人）；
（5）國家知識產權局軟科學規劃項目：“專利戰略視野下我國專利保護水平定位問題研究”（SS07-B-08，2007.6-2009.12，項目負責人）；
（6）國家知識產權局軟科學研究項目：“專利戰略的內涵、目標、指導思想與基本原則研究”（2005-2007，項目負責人)；
（7）中國科學技術協會政策調研項目：“我國科技工作者權益保障問題研究”（2009．ZCYZ26，2009-2011，項目負責人）；
（8）全球化與知識產權保護國際合作項目：“全球化與知識產權保護”（2006-2007，項目負責人）；
（9）中國博士後科學基金項目：“知識產權哲學研究”（2004-2005，項目負責人）；
（10）湖南省社科基金暨省“百人工程”項目：“我國企業知識產權戰略實施法律保障體系研究”（2002-2004，項目負責人）；
（11）國家社會科學基金重大項目“科學發展觀統領下的知識產權戰略實施研究”（07 & ZD006, 2008~2010，子課題負責人）；
（12）國家自然科學基金重點項目：“促進我國自主創新的知識產權管理研究”（70633003，2007-2009，主要成員）；
（13）國家社會科學基金重點項目：“中國特色知識產權理論體系研究”（11AZD047,子課題負責人）；
（14）教育部哲學社會科學研究重大課題攻關項目：“知識產權制度的變革與發展”（04JZD0016，2005-2007，子課題負責人）；
（15）教育部哲學社會科學研究重大課題攻關項目：“知識產權行政與司法保護績效研究”（08JZD0009, 2009-2011，子課題負責人）；
（16）國家自然科學基金項目：“專利許可談判行為與決策模型研究”（ 71272215，2012.9-2015.9，主要成員）；
（17）國家社會科學基金項目：“廣西少數民族特色文化知識產權保護保護研究” （11AZD047，2012.8-2015.8，主要成員）；
（18）中宣部、教育部“馬工程”：“知識產權法精品教材建設”（2012-2015，主要成員）；
（19）教育部人文社會科學規劃項目：“競爭政策視野下商標法理論研究——關系、協調及制度構建”（11YJA820048，2011.9-2014.9，主要成員）；
（20）教育部人文社會科學規劃項目：“3G時代的數字版權保護模式研究”（ 10YJA820033，2010.9-2013.9，主要成員）.