根據上述職責，省教育廳設15個內設機構：
（壹）辦公室（省委教育工委辦公室）
綜合協調廳（委）機關和直屬單位工作，督促重大事項的落實；承擔廳（委）機關文電、機要、檔案、信息、保密、信訪、政務公開和機關內部規章制度建設等工作，承擔重要文件、綜合性文稿的起草工作；擬訂教育系統內部審計規章制度，指導檢查全省教育系統內部審計工作，承擔廳（委）機關及廳直屬單位的內部審計及相關工作，承擔對廳直屬單位領導經濟責任審計工作，承擔由教育部門撥付的省屬高等學校專項資金的管理、使用情況的審計工作；承擔廳（委）機關行政後勤工作，負責廳機關效能工作。
（二）政策法規處
組織起草地方性教育法規、政府規章，承擔教育有關立法規劃和協調工作；承擔政策調研有關工作；指導全省教育系統依法行政和普法教育工作；承擔廳機關有關規範性文件的合法性審核工作，承擔有關行政復議、應訴工作。
（三）發展規劃處
會同省發展改革委擬訂全省教育事業發展規劃和年度計劃並組織實施；會同有關部門承擔普通高等學校和省屬普通中等職業學校年度招生計劃的編制工作；會同有關部門統籌協調學校布局、結構調整，提出高等學校布局、結構調整的意見並組織實施；依法承辦高等學校設置、變更和終止等事項的審核工作；承擔經費直管學校的校園建設總體規劃和基建項目管理工作；承擔全省民辦教育的統籌指導工作；承擔全省教育基本信息統計、分析工作；會同有關部門指導高校後勤管理工作；配合有關部門指導學校建築安全工作；承擔捐資辦學表彰的有關工作。
（四）人事處
負責廳機關和直屬單位機構編制、人事管理等工作；規劃指導全省教師隊伍和教育行政幹部隊伍建設工作；指導教育系統人事制度改革，按規定負責高等學校、中等職業學校、普通中小學教師專業技術職務評聘工作；指導教育系統人才隊伍建設工作；指導教師和中小學校長培訓工作；指導全省教師資格制度的實施，承擔高等學校教師資格認定工作；指導教育系統師德師風建設工作；承擔教師表彰獎勵和特級教師評選的有關具體工作。
（五）財務處
按規定承擔省級教育部門經費預決算草案的編制以及省級教育經費管理的具體工作；參與擬訂教育經費有關政策，統計並監測全省教育經費投入和執行情況；承擔國內外教育援助、教育捐贈和教育貸款等資金的管理工作；參與農村義務教育經費保障機制經費管理工作；指導、監督廳屬單位的國有資產管理和財務管理工作；承擔廳機關財務管理工作。
（六）基礎教育處
承擔義務教育的統籌指導工作；指導、管理全省普通高中教育、幼兒教育、少數民族教育、特殊教育和掃除文盲工作；指導全省基礎教育教學改革和教學管理，落實國家基礎教育課程方案，建立教學質量監測體系並指導實施，規範中小學校辦學行為；推進義務教育辦學標準化建設；擬訂中小學校學籍管理政策，指導全省中小學學籍管理；統籌管理中小學教學用書，負責地方課程教材的編寫和審定管理，編制中小學教學用書目錄；指導中小學教育信息化、圖書館和實驗室配備工作；指導中小學校德育工作；承擔廳屬中小學學籍管理和教學管理有關工作；指導、管理全省普通高中學生學業基礎會考。
（七）職業教育與成人教育處
指導中等職業教育教學改革、教學管理工作；承擔公辦中等職業學校設置、變更和終止的審批工作；承擔五年制高等職業教育綜合管理工作；指導中等職業學校建設工作；擬訂並組織實施中等職業學校學籍、學歷管理和招生政策；承擔廳屬中等職業學校學籍管理和教學管理有關工作；指導和推進全省社區教育工作。負責協調全省終身教育工作，承擔省終身教育促進委員會的日常工作。
（八）高等教育處（省學位委員會辦公室）
指導高等教育教學改革、教學管理和相關考試工作；指導高等學校學科專業建設和專業結構調整工作；會同有關部門規劃、指導高等學校的建設，組織實施相關重點建設項目；指導、組織高等學校教育質量與教學工作評估；指導高等學校圖書館、實驗室、實訓基地和教材建設工作；指導各類高等繼續教育和遠程教育工作；指導、管理研究生培養和學科建設工作。承擔省學位委員會的日常工作。
（九）科學技術處
規劃、指導高等學校哲學社會科學研究工作、自然科學研究工作；組織高等學校申報省級以上重大科研項目並指導實施；指導高等學校科技創新平臺的發展建設、產學研結合和知識產權保護工作；指導學校科學知識普及工作；統籌協調教育信息化工作，指導省級教育網絡信息化平臺的建設和管理工作。
（十）體育衛生與藝術教育處
指導各級各類學校體育、衛生健康教育、藝術教育和國防教育工作；組織、協調全省性的學校體育、藝術比賽和演出活動，並組織參加相關的全國性體育競賽和藝術交流活動；會同省衛生廳指導在校學生疾病防控工作；會同有關部門指導學校食品衛生安全工作；配合省征兵辦開展在校學生征兵工作。
（十壹）對外合作處
指導全省教育方面國際及與港澳臺地區的合作與交流；承辦全省教育系統公派出國留學的管理工作；統籌指導教育系統外籍教師（外國文教專家）和來華留學生管理工作；統籌管理全省中外（境內外）合作辦學工作；會同省公安廳、省工商行政管理局等部門監督和管理自費出國留學中介服務機構；承辦在閩舉辦國際教育展的管理工作；規劃、指導漢語國際推廣工作。
（十二）學生工作處
擬訂我省高等學校招生考試政策，指導、管理高等學校招生考試；承擔高等學校學籍、學歷管理工作；會同省財政廳擬訂學生資助政策，統籌管理高等學校和中等職業學校學生資助工作；指導、檢查和督促高等學校學生管理工作；指導高等學校和中等職業學校學生德育工作；參與擬訂畢業生就業政策，負責師範類畢業生就業指導和服務工作以及非師範類畢業生離校前的就業指導和服務工作，擬訂師範類畢業生就業政策並組織實施。
（十三）教育督導處（省政府教育督導辦公室）
擬訂全省教育督導規章、政策和工作規劃，指導全省教育督導工作；按規定對下級人民政府、教育行政部門和學校貫徹執行有關教育法律法規、政策的情況進行督導；組織對中等及中等以下教育、掃除文盲的督導評估和檢查驗收；組織開展全省基礎教育發展水平監測。
（十四）學校安全工作處（省未成年人保護委員會辦公室）
統籌協調各級各類學校安全工作和校園治安綜合治理工作，擬訂學校安全工作有關規章措施並督促落實；組織、協調學校重大安全事故的處理；檢查、督促有關未成年人保護法律法規的貫徹實施，指導各地做好未成年人保護工作。承擔省未成年人保護委員會的日常工作。
（十五）語言文字工作處（省語言文字工作委員會辦公室）
擬訂並組織實施全省國家通用語言文字工作規劃；組織開展國家通用語言文字工作評估活動；承擔學校以及其他教育機構的教育教學用語用字的管理和監督工作；組織推行《漢語拼音方案》，承擔全省推廣普通話工作；指導全省普通話水平測試工作。承擔省語言文字工作委員會的日常工作。
機關黨委
負責廳機關和直屬單位的黨群工作。
離退休幹部工作處
負責廳機關離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。
福建省教育考試院
福建教育出版社 福建教育雜誌社 福建教育電視臺
福建省教育生供辦 福建省普教室 福建省電化教育館
福建省教育建築設計院 福建省職業技術教育中心 福建學生貸款管理中心
福建省教育管理信息中心 福建省教育科學研究所 福建信息職業技術學院
福建兒童發展職業學院 福建金融職業技術學院 福建商業高等專科學校
福州第壹中學 福州實驗小學 福建第二輕工業學校
福建省郵電學校 福建建材工業學校 福建理工學校
福建工業學校 福建省僑興輕工學校 海峽兩岸職業教育交流合作中心