1. 高新技術企業是在國家重點支持的高新技術領域內，通過持續研發和技術成果轉化，形成核心自主知識產權的居民企業。
2. 高新技術企業的高新技術產品（服務）收入需占總收入的60%以上，科技型中小企業則無此要求，其產品只需含有科技元素。
3. 高新技術企業認證有效期為3年，而科技型中小企業的認證無明確期限。
4. 高新技術企業分為國家級和省市級，而科技型中小企業沒有此類區分。
高新技術企業的認定標準：
1、企業擁有核心自主知識產權的高新技術產品（服務）收入占企業總收入的比例要求；
2、企業研發投入占企業總收入的比例要求；
3、企業的研發組織管理水平；
4、企業的成長性指標；
5、企業的技術人員占比要求。
綜上所述，高新技術企業與科技型中小企業的主要區別在於：高新技術企業需在國家支持的領域內擁有核心自主知識產權，其高新技術產品（服務）收入必須占總收入的60%以上，認證有效期為3年，並分為國家級和省市級；而科技型中小企業對科技產品的收入比例無硬性要求，認證無固定期限，且不區分級別。
法律依據：
《科技型中小企業評價辦法》
第六條
科技型中小企業須同時滿足以下條件：（壹）在中國境內（不包括港、澳、臺地區）註冊的居民企業。（二）職工總數不超過500人、年銷售收入不超過2億元、資產總額不超過2億元。（三）企業提供的產品和服務不屬於國家規定的禁止、限制和淘汰類。（四）企業在填報上壹年及當年內未發生重大安全、重大質量事故和嚴重環境違法、科研嚴重失信行為，且企業未列入經營異常名錄和嚴重違法失信企業名單。（五）企業根據科技型中小企業評價指標進行綜合評價所得分值不低於60分，且科技人員指標得分不得為0分。