(1)研發活動的確認
1.研發活動的定義
為獲取新的科學技術知識(不包括人文社會科學)，創造性地應用新的科學技術知識，或實質性地改進技術和產品(服務)而進行的具有明確目標的持續活動。
創造性地應用科學技術新知識，或對技術、產品(服務)進行實質性改進，是指企業在技術、產品(服務)創新方面取得有價值的進展，推動了本地區(省、自治區、直轄市或計劃單列市)相關行業的技術進步，不包括企業對某項科研成果的常規升級或直接應用(如直接采用新技術、新材料、新裝置等。)
企業應根據上述定義判斷是否開展了研究開發活動(項目)，並填寫“II。高新技術企業認定申請書中的《企業研發項目信息表》。
2.判斷的依據和方法
在組織專家評審過程中，評審機構可參照以下方法對企業申報的R&D活動(項目)進行評審:
(1)行業標準判斷法。如果國家有關部門、全國性(世界性)行業協會等具有相應資質的機構提供了衡量“科技新知識”、“科技新知識的創造性應用”或“具有實質性改進的技術、產品(服務)”等技術參數(標準)，則企業開展的項目首先按此參數(標準)判定為研發活動。
(2)專家判斷法。如果企業所在行業沒有公布公認的R&D活動計量標準，將由本行業專家進行評判。判斷的原則是:獲取新知識，創造性地應用新知識，實質性地改進技術，應是企業所在技術(行業)領域公認的、有價值的進步。
(3)目標或結果判斷法(輔助標準)。查看R&D活動(項目)的立項和預算報告，重點了解R&D活動的目的(創新)和計劃資源(預算)；R&D活動是否產生了最終或中間成果，如專利等知識產權或其他形式的科技成果。
當采用行業標準判斷法和專家判斷法難以判斷企業是否存在R&D活動時，使用該方法作為輔助。
3.高技術服務業中的企業研發活動
企業為支持其在高技術服務業領域開發新產品(服務)和采用新技術，在自然科學和工程技術方面獲得新知識或實質性改進的活動；或者從事列入國家科技計劃的服務業關鍵技術項目的開發活動。其判定標準與第4、(1)、1、2段定義的壹般研究開發活動(項目)的判定標準相同。
4.研發項目的確定
研發項目是指“具有獨立時間、財務安排和人員配備的非重復性研發活動”。企業的R&D費用以每個R&D項目為基礎單獨計量和計算。
(2)研發費用的收取
企業應匯總包括直接研究開發活動和可計入的間接研究開發活動的費用，並在高新技術企業認定申請書中填寫“五、企業年度研究開發費用結構表”。
1.企業R&D費用的核算
企業應當按照以下樣表對高新技術企業認定的專項研究開發費用設置輔助核算賬戶，提供相關憑證和明細表，並按照本工作指南的要求進行核算。
企業R&D支出結構匯總(樣表)
註:A、B、C、D代表企業申報的不同研發項目。
2.各費用科目的歸集範圍
(1)人事勞動
從事研發活動的人員(也稱R&D人員)的年薪包括基本工資、獎金、津貼、補貼、年終加薪、加班費以及與其崗位或雇傭相關的其他費用。
(2)直接投資
企業為實施研發項目而購買的原材料等相關費用。如:水和燃料(包括煤氣和電)使用費；不符合固定資產標準的用於中間試驗和產品試制的模具、樣品、樣機和壹般試驗方法的購置費，試制產品的檢驗費等。；用於研發活動的儀器設備簡單維護費；經營租賃租入的固定資產租賃費等。
(3)折舊費和長期待攤費用
包括在R&D活動中購置的儀器設備和在R&D項目中使用的建築物的折舊費用，包括在R&D設施的重建、改造、裝修和修理過程中發生的長期待攤費用。
(4)設計成本
為新產品和新工藝的構思、開發和制造而設計工作程序、技術規範和操作特性所發生的費用。
(5)設備調試費
主要包括工裝準備過程中的研發活動所發生的費用(如開發生產機器、模具和工具，改變生產和質量控制程序，或制定新的方法和標準等。).
大規模批量和商業生產的常規工具準備和工業工程的成本不能包括在內。
(6)無形資產攤銷
專有技術(包括專利、非專利發明、許可、專有技術、設計和計算方法等)發生的費用攤銷。)因研發活動需要購買的。
(7)委托外部研發費用
指企業委托國內其他企業、高等院校、研究機構、轉化院、技術專業服務機構、境外機構開展研究開發活動(項目成果歸企業所有且與其主營業務密切相關)所發生的費用。委托外部研究開發費用的金額應當按照獨立交易的原則確定。
在認定過程中，外部研發費用的80%計入總R&D費用。
(8)其他費用
研發活動發生的其他費用，如辦公費、通訊費、專利申請維持費、高新技術研發保險費等。除非另有規定，該費用壹般不超過研發費用總額的10%。
3.中國企業發生的研究開發費用。
指企業內部研究開發活動實際發生的全部費用和境內企業、高校、轉化院所、研究機構、技術專業服務機構委托研究開發活動發生的費用之和，不包括境外機構委托研究開發活動發生的費用。