高新技術企業認定難點如下：
1、材料描述技術水平低、專業性差
高新企業的認定可以說是對“研發”與“產品（服務）”相關證明材料的認定審核。所以很多企業沒通過的原因大多數是研發項目和產品（服務）證明材料技術內容描述偏少、表達水平低、體現的專業性質量不高，技術體現與知識產權關聯性差。在實際材料審核過程中往往會很難抓住項目、產品（服務）主要技術點，所以很難與高新八大領域去進行關聯。
2、知識產權問題突出
近幾年隨著高新企業的普及以及政策扶持力度的加大，高新企業的申請數量也呈現逐年增長的趨勢，但是知識產權問題及其突出和重要。
3、數據填報不壹致
隨著信息技術的發展，多部門之間的數據已經實現了相互關聯，信息也更加立體化和可對比化，數據信息化也要求企業實現數據的統籌規劃和規範管理。企業要申報高新技術企業認定，就要針對高新認定必要性的指標提前做好規劃。同時，需要準備的材料也非常專業、完整。
4、前期準備工作不足
高新技術企業認定工作涉及財務、技術、人力等諸多部門，很多企業會因為未能統壹理解高新認定的新標準，導致部門配合不協調，資料準備不壹致，拖延了申報的過程、甚至無法完成年度的申報。