（二）研究開發費用的歸集
企業應對包括直接研究開發活動和可以計入的間接研究開發活動所發生的費用進行歸集，並填寫附2《高新技術企業認定申請書》中的“五、企業年度研究開發費用結構明細表”。
1．企業研究開發費用的核算
企業應按照下列樣表設置高新技術企業認定專用研究開發費用輔助核算賬目，提供相關憑證及明細表，並按本《工作指引》要求進行核算。
企業研究開發費用結構歸集（樣表）
註：A、B、C、D等代表企業所申報的不同研究開發項目
2．各項費用科目的歸集範圍
（1）人員人工
從事研究開發活動人員（也稱研發人員）全年工資薪金，包括基本工資、獎金、津貼、補貼、年終加薪、加班工資以及與其任職或者受雇有關的其他支出。
（2）直接投入
企業為實施研究開發項目而購買的原材料等相關支出。如：水和燃料（包括煤氣和電）使用費等；用於中間試驗和產品試制達不到固定資產標準的模具、樣品、樣機及壹般測試手段購置費、試制產品的檢驗費等；用於研究開發活動的儀器設備的簡單維護費；以經營租賃方式租入的固定資產發生的租賃費等。
（3）折舊費用與長期待攤費用
包括為執行研究開發活動而購置的儀器和設備以及研究開發項目在用建築物的折舊費用，包括研發設施改建、改裝、裝修和修理過程中發生的長期待攤費用。
（4）設計費用
為新產品和新工藝的構思、開發和制造，進行工序、技術規範、操作特性方面的設計等發生的費用。
（5）裝備調試費
主要包括工裝準備過程中研究開發活動所發生的費用（如研制生產機器、模具和工具，改變生產和質量控制程序，或制定新方法及標準等）。
為大規模批量化和商業化生產所進行的常規性工裝準備和工業工程發生的費用不能計入。
（6）無形資產攤銷
因研究開發活動需要購入的專有技術（包括專利、非專利發明、許可證、專有技術、設計和計算方法等）所發生的費用攤銷。
（7）委托外部研究開發費用
是指企業委托境內其他企業、大學、研究機構、轉制院所、技術專業服務機構和境外機構進行研究開發活動所發生的費用（項目成果為企業擁有，且與企業的主要經營業務緊密相關）。委托外部研究開發費用的發生金額應按照獨立交易原則確定。
認定過程中，按照委托外部研究開發費用發生額的80％計入研發費用總額。
（8）其他費用
為研究開發活動所發生的其他費用，如辦公費、通訊費、專利申請維護費、高新科技研發保險費等。此項費用壹般不得超過研究開發總費用的10％，另有規定的除外。
3．企業在中國境內發生的研究開發費用
是指企業內部研究開發活動實際支出的全部費用與委托境內的企業、大學、轉制院所、研究機構、技術專業服務機構等進行的研究開發活動所支出的費用之和，不包括委托境外機構完成的研究開發活動所發生的費用。