兩者屬於不同單位。公路局是事業單位，交通局是行政單位。兩者級別相同，但職責不同。
公路局職責：
（壹）貫徹執行上級有關公路交通管理的法律、法規、政策，制定全市公路發展戰略、規劃、規章和管理辦法，並負責組織實施。
（二）負責研究制定全市公路交通規劃及現有公路技術改造方案，負責全市國道、省道及重要縣道的建設、養護和管理，並對全市縣、鄉公路建設、養護進行業務技術指導。
（三）負責編制公路建設、養護計劃並組織實施。
（四）負責本市公路和橋梁工程的驗收工作。
（五）制定公路科技政策和規範，負責公路科學技術研究和新技術、新材料、新工藝的推廣運用。
（六）負責對公路汽車渡口、收費站進行統壹管理和公路通行費、過渡費等規費的征收及使用管理。
（七）負責全市路政管理和路政執法，保護路產路權。規劃、審批和管理公路兩側各種構造物和廣告、宣傳等設施；會同有關部門規劃、審批公路沿線的各種建築設施。
（八）承擔公路、橋梁工程的勘察、設計、監理和施工業務。
（九）負責國防公路戰備工作。
（十）開展公路建設融資和國際交通合作及涉外工作。
（十壹）負責本單位精神文明建設、黨的建設、幹職工隊伍建設和勞動人事管理等工作。
（十二）負責管理本局下屬各單位。
（十三）完成市委、市人民政府交辦的其他工作。
交通局職責
（壹）貫徹執行國家和省關於公路、水路和地方鐵路交通行業的方針政策和法律法規；根據國民經濟和社會發展需要，制定全市公路、水路和地方鐵路交通行業的發展戰略、措施，擬定有關規定並監督實施。
(二）根據全國、全省的公路、水路和地方鐵路交通行業發展規劃以及全市國民經濟發展總體布局，編制全市公路、水路和地方鐵路交通行業的發展規劃、中長期計劃和年度計劃，並組織實施；負責行業統計和信息引導工作。
（三）負責全市公路、水路和地方鐵路交通行業管理和運輸組織管理，協調道路、水路運輸與其它運輸方式的銜接；組織實施上級下達的重點物資運輸、緊急客貨運輸和軍事運輸。 （四）培育、監督、管理公路、水路交通運輸市場和交通基礎設施建設市場，規劃市場體系布局，制定市場規則，規範和監督市場行為，維護公路、水路交通行業的平等競爭秩序；建立和完善信息、服務體系，引導交通運輸業優化結構、協調發展。
（五）組織重點交通工程建設的實施，負責交通工程建設的投標、招標等管理工作，協同有關部門負責交通工程定額管理和交通基本建設工程質量的管理監督。
（六）負責全市公路規劃、建設和管理；組織公路及其附屬設施的建設、養護和管理；負責路政管理，依法保護公路產權。
（七）負責全市道路營業性運輸站、點、場建設的規劃；負責全市道路旅客運輸、貨物運輸、客貨運出租、旅遊客運、汽車租賃、聯運、集裝箱運輸以及與道路運輸相關的機動車維修、搬運裝卸、運輸服務業、汽車駕駛學校和駕駛員培訓工作的行業管理；負責全市交通稽查和管理工作；指導城鄉客、貨運輸的銜接協調工作；負責交通中介組織、信息配載的行業管理工作。
（八）組織編制全市港站主樞紐規劃並監督實施；負責全市港口布局及港航設施的建設、養護和管理；負責水路客貨運輸、搬運裝卸、船舶代理、貨運代理、水路運輸服務業以及轄區內水上港航監督、港口和港航設施建設使用岸線的行業管理；負責水上交通安全和船員的培訓。
（九）負責全市各項交通規費的征稽、管理和使用；負責道路、橋梁收費站（點）稽查站設置的審核、報批和管理；負責全市各項交通規費和建設項目的審計監督。
（十）協同有關部門制定投資、價格、稅收、信貸、勞動工資、外匯和其他有關交通行業的規定。
（十壹）指導全市交通行業的體制改革和企業管理工作，負責局屬單位國有資產的管理。
（十二）負責全市地方鐵路的建設、管理；負責轄區內的鐵路專用線的行業管理以及鐵路專用線***用的協調管理。
（十三）負責局機關及局屬單位的思想政治工作；指導交通行業的精神文明建設，組織指導交通行業人才預測、教育、培訓工作。
（十四）組織協調交通行業利用外資、對外合作與交流工作，參與涉外運輸管理工作。
（十五）貫徹執行交通科技政策、技術編制和規範、組織科技開發，推動行業科技進步；會同有關部門組織交通工業產品認證和質量監督。
（十六）負責全市交通戰備工作，承辦市國防動員委員會的有關工作。
（十七）承辦市委、市政府交辦的其他事項