根據上述職責，省對外貿易經濟合作廳（省人民政府口岸辦公室）設18個內設機構：
（壹）辦公室。
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常工作；承擔宣傳、信息、保密、信訪、政務公開、財務和資產管理、督辦等工作。組織研究外經貿發展趨勢和重大問題，提出相關政策建議。
（二）規劃財務處。
負責編報和組織實施外經貿發展戰略、中長期發展規劃和外貿年度指導性計劃；會同有關部門貫徹落實涉及外經貿的外匯、財稅、金融、價格、保險等政策，監測、統計、分析對外貿易宏觀運行情況；會同有關部門管理專項資金；負責廳機關及直屬單位財務檢查和內部審計工作。
（三）政策法規處。
起草有關地方性法規、規章草案；承擔有關規範性文件的合法性審核；承辦有關行政復議和行政應訴工作；依法承擔對經營者集中行為的調查及其他反壟斷相關工作；會同有關部門處理涉外知識產權和貿易糾紛；承擔協調牽頭整頓和規範外經貿市場秩序的相關工作；承擔本系統的法制宣傳教育工作。
（四）對外貿易發展處。
牽頭擬訂國際（境外）市場開拓規劃；推廣電子商務等新型貿易方式；承擔協調促進外向型民營企業發展的相關工作；推進出口市場多元化戰略的實施；指導和監督境內對外經貿交易會、展覽會以及赴國（境）外舉辦展銷會、洽談會等活動；協調指導對臺貿易工作。
（五）對外貿易管理處。
組織實施機電產品以外的進出口商品目錄；承擔進出口企業經營資格及國際貨運代理資格備案工作；依法審核企業申請限制類商品進出口經營資質；組織實施重要工業品、原材料和重要農產品（除糧食、棉花外）進出口計劃以及進出口商品配額、關稅配額計劃；根據授權辦理有關進出口許可證事項；協調供應港澳的配額商品工作。
（六）服務貿易處。
牽頭擬訂服務貿易發展規劃、政策，會同有關部門擬訂促進服務貿易進出口政策、規劃並組織實施；承擔服務貿易進出口管理、服務貿易促進和服務貿易統計工作。
（七）機電產品進出口處（省機電產品進出口辦公室）。
管理機電產品進口目錄；擬訂進口機電產品和成套設備的招標辦法並組織實施；負責機電產品國際招標的監督、協調；辦理授權的許可事項和相關審核工作；承擔推動機電產品開拓國際市場的相關工作。
（八）科技發展與技術貿易處。
組織實施科技興貿戰略和國際品牌建設；承擔技術進出口和兩用物項審批工作；協調促進高新技術和自主品牌企業開拓國際市場；指導本省科技興貿創新基地建設和外經貿系統科技創新工作；組織落實優化高新技術產品進出口結構等工作。
（九）外商投資促進處。
負責協調和指導本省招商引資、投資促進工作；參與制定本省促進外商投資規劃和改善投資環境的政策措施；擬訂本省招商引資計劃，組織實施重大項目對外招商；負責與境外投資促進機構聯系交流。
（十）外資管理處。
參與制定本省外商投資的發展戰略、中長期規劃，擬訂年度指導計劃並組織實施；參與擬訂外商投資政策和管理規章；會同有關部門擬訂並組織實施服務外包發展規劃和政策；按省管權限承辦限額以內不需綜合平衡管理的鼓勵類、允許類外商投資項目登記備案與合同、章程的合並辦理工作；依照有關規定核準或核報外商投資項目合同章程及法律特別規定的重大變更事項；核發外商投資企業、港澳臺投資企業批準證書及省管權限內鼓勵類外商投資項目確認證書；依法監督檢查外商投資企業執行法律法規和合同、章程的情況並協調解決有關問題；承擔外商投資統計工作；組織協調有關部門對外商投資企業進行聯合年檢。
（十壹）加工貿易處。
宏觀管理加工貿易工作；負責核準省管權限的加工貿易業務；指導、管理外商投資企業與加工貿易企業的進出口工作；編報和組織實施外商投資企業和加工貿易企業涉及國家實行配額、許可證管理的進出口商品計劃；承擔加工貿易統計工作。
（十二）開發區管理處。
牽頭擬訂和組織實施經濟技術開發區、保稅區、出口加工區等各類經濟開發區的發展規劃和政策措施，綜合協調和指導各類開發區的有關工作；綜合研究和分析各類開發區發展中的重大問題，定期向省人民政府和商務部報送有關情況並提出政策建議。
（十三）對外經濟合作處。
擬訂並組織實施有關對外經濟合作和對外援助的發展規劃、相關政策和管理辦法；依法管理和監督境外投資、對外承包工程、對外勞務合作和設計咨詢等對外經濟合作業務；審核省內企業對外投資開辦企業（金融企業除外）、對外經濟合作企業經營資格；承辦外派勞務和境外就業人員權益保護相關工作；承擔對外直接投資、對外承包工程、對外勞務合作和境外就業統計工作；指導對外援助業務的開展，監督檢查本省承擔的對外援助項目實施工作。
（十四）進出口公平貿易局。
綜合協調本省有關世界貿易組織和自由貿易區事務的具體工作；負責反傾銷、反補貼、保障措施和產業損害調查等涉及進出口公平貿易的相關工作；指導和協調對我出口商品的反傾銷、反補貼、保障措施及其他貿易救濟調查的應訴及相關工作，指導應對國外技術性貿易壁壘；參與調查對進口產品的反傾銷、反補貼、保障措施；參與實施貿易救濟措施；建立進出口公平貿易、產業損害的預警機制，維護產業安全。
（十五）陸空口岸處。
承擔公路、鐵路、航空口岸、港澳貨運車輛檢查場的開設、關閉、調整的審核和管理工作；組織指導陸空口岸查驗方法、監管模式改革，承辦粵港、粵澳陸空口岸合作事宜；對外貿貨運汽車出入境運輸實行宏觀控制。
（十六）港口口岸處。
承擔港口口岸的開設、關閉及調整的審核和管理工作；組織實施港口口岸查驗方法、監管模式改革，承辦粵港、粵澳港口口岸合作事宜；依法實施本省沿海設立挖砂采石出口作業點及港澳籍船舶進出本省沿海挖砂采石作業點作業的審核；牽頭組織***建文明口岸等活動。
（十七）對外交流處。
依法承辦境外非企業經濟組織在本省設立的常駐代表機構的核準業務；參與全省性對外經貿和口岸的重要外事活動；聯系安排領導的外事活動計劃和重要來賓的接待工作；指導本系統外事和對外交流工作。
（十八）人事處（與機關黨委辦公室、離退休人員服務處合署）。
負責機關和指導直屬單位的人事管理、機構編制、勞動工資、黨群、離退休人員服務、安全保衛等工作；參與實施國際商務職業資格制度；指導外經貿行業商會、協會的工作。