(1)辦公室。
負責文電、會議、機要、檔案等機關的日常運作；承辦宣傳、信息、安全、保密、接待和信訪工作；協調應急和維穩工作；指導全區生態文明和生態文化建設相關工作。
(2)人事教育司。
負責機關及直屬單位人事管理、機構編制、人才隊伍建設、教育培訓、勞動工資、社會保障等工作；制定並組織實施全區林業人才培養教育的規劃和計劃；協助組織林業專業技術資格評審，指導林業行業職業技能鑒定。
(3)政策法規司(行政審批處)。
負責林業政策的調查研究；承擔相關林業法律、法規和規範性文件的起草、修訂和審查工作；指導和協調全區林業行政執法和執法監督工作；承辦本級林業行政訴訟、行政復議、聽證和法律咨詢；組織相關的NPC提案和CPPCC提案。帶頭行政審批。
(4)計劃財務部(生態公益林管理辦公室)。
擬定林業及其生態建設的發展戰略、中長期規劃並組織實施；組織和指導林業及其生態建設生態補償制度的建立和實施；參與編制部門預算並組織實施，提出林業財政資金安排意見；編制林業及其生態建設年度生產計劃；管理和監督自治區壹級的林業資金；指導全區林業資金的征收管理和林業財務核算；監督自治區壹級林業國有資產、林業基金和林政收費；負責林業統計信息工作；負責全區生態公益林的劃分和調整；組織和指導生態公益林的管理、監測和效益評價。
(5)綠化辦公室(石漠化綜合治理辦公室)。
承擔種苗、造林、育林質量管理；組織和指導各類公益林和商品林的培育；組織和指導植樹種草等生物措施防治水土流失；組織石漠化和沙化土地的調查、動態監測和評價；承擔退耕還林、石漠化防治、荒漠化防治的相關工作；指導全區國有林場(苗圃)和林木種苗基地的建設和管理；負責自治區直屬國有林場的管理和監督；指導和監督全區林業外商投資造林項目的實施；組織、指導和監督全區森林病蟲害的預防、檢疫和預報工作；承擔全區林業應對氣候變化和生物質能源基地建設的相關工作。
(6)林業局資源管理辦公室(森林糾紛調解辦公室)。
組織和指導全區森林資源調查、動態監測和評價工作；擬訂森林資源可持續發展的政策、措施和技術規範並監督實施；組織和監督全區森林采伐限額和森林經營計劃的實施；監督檢查全區森林資源的保護、開發和利用；指導和監督全區林權管理工作，承擔征占用林地審批工作；指導和監督全區林權證的采伐和運輸；指導全區鄉鎮林業站和木材檢查站的建設和管理；負責協調、督促和查處破壞森林資源的重大案件，指導和監督全區林業行政案件的查處工作；貫徹執行國家和自治區有關調處森林糾紛的政策、法律和法規；組織起草林木、林地權屬爭議的相關法律、法規、政策和制度並監督實施；指導和監督全區森林、林地權屬爭議調解工作，協調處理省、區、市之間的森林、林地權屬爭議；指導和監督全區林地承包糾紛仲裁工作。
(7)野生動物保護和自然保護區管理處。
指導陸生野生動物和野生植物的搶救繁殖、棲息地恢復和發展；組織和指導陸生野生動物、野生植物資源和濕地的調查和監測；負責起草和調整自治區重點保護陸生野生動植物名錄；監督管理全區陸生野生動植物的獵捕或采集、收容救護、馴養繁殖或養殖、經營利用、運輸、特殊標識和疫情監測；承擔全區森林和陸生野生動物自然保護區、自然保護區的管理工作；監督全區野生動物和自然保護區違法案件的查處；承擔全區陸生野生動植物及其產品進出口審核審批相關工作；承擔執行《瀕危野生動植物種國際貿易公約》的相關工作；按照分工負責生物多樣性保護和管理。
(8)工業部門。
制定林業產業發展規劃並組織實施；指導林業產業經濟布局和森林資源的合理配置與利用；指導林業產業結構調整、技術引進、技術改造、新產品研發和林產品質量監管；承擔林產品生產、經營、加工許可相關工作；負責全區木、竹、林產品加工和綜合利用的行業管理；指導全區花卉產業、森林公園建設和森林旅遊發展；組織實施森林產品認證；指導自治區直屬林業企業的改革和重組；監督全區林業行業和部直屬林業單位的安全生產工作；會同有關部門管理農村能源發展。
(9)林業改革發展司。
組織和指導全區林業改革和農村林業發展；組織制定集體林權制度改革的政策意見；指導和監督集體林權制度改革方針政策的實施；組織制定全區農村林業發展和維護林農合法權益的政策措施，並指導實施；組織實施和監督林權登記發證工作，指導農村林地承包經營和林權交易、流轉及保護工作；指導林業投融資改革；指導林業專業合作經濟組織和林業社會化服務體系建設；指導全區林業工作，推進新農村建設；承擔自治區集體林權制度改革領導小組的日常工作。
(10)科技與對外合作司。
組織林業科學研究、技術創新、技術推廣和技術普及；組織指導林業科技體制改革和林業創新體系、林業技術推廣體系建設；承擔林業標準化、林業技術監督、林產品質量監督、林業知識產權保護和植物新品種保護管理；負責全區木材檢驗機構的監督管理；管理和監督林業生物種質資源和林業轉基因生物的安全；組織和指導林業對外合作與交流、林業先進技術和智力引進。
(十壹)國土綠化處(自治區綠化委員會辦公室)。
指導、協調和監督全民義務植樹、城鄉綠化和部門綠化；承擔與全民義務植樹和國土綠化相關的地方性法規、規章和規範性文件的起草、修訂和審查工作，並監督實施；指導和監督古樹名木的保護工作；承擔自治區綠化委員會的具體工作。
(十二)森林防火處(自治區森林防火指揮部辦公室)。
組織、協調、指導和監督全區森林防火滅火工作；制定森林防火管理制度，檢查、監督、協調國家和自治區森林防火法律、政策的貫徹實施；制定森林火災撲救預案，協調、組織和指揮較大規模以上森林火災的撲救；組織重大、特大森林火災事故的調查，提出行政處罰建議；組織和指導全區森林消防隊伍建設；組織指導省際邊境森林防火聯防，協調邊境森林防火聯防工作；承擔自治區森林防火指揮部的具體工作。
機關黨委負責機關和譚勇直屬單位的黨群工作。
退休人員辦公室負責機關退休人員的工作；指導直屬單位退休人員工作。