第二十七條 專項經費項目的知識產權管理和保護應遵循平等互利、尊重協議、信守承諾的原則，遵守我國相關知識產權法律法規以及我國參加或者與合作國簽訂的有關知識產權保護的國際公約或者雙邊條約。
第二十八條 科技部在與項目承擔單位簽署的項目任務合同書中，應當明確約定該項目的知識產權具體目標、保護方式、屬於中方部分的權利歸屬與分享以及項目承擔單位的管理職責等事項。
第二十九條 項目承擔單位在與外方合作單位簽訂項目合作協議時，應當設立知識產權專門條款或者雙方另行簽署專門的知識產權協議，對合作中所涉及或產生的知識產權歸屬及權益分配、違約責任、爭議處理等知識產權事項做出具體約定，並按照原項目申請渠道報科技部備案。
專項經費項目所產生的研究成果及其形成的知識產權中屬於中方的部分，除涉及國家安全、國家利益和重大社會公***利益以及項目任務合同書或合作協議中另有約定的以外，依照《關於國家科研計劃項目研究成果知識產權管理若幹規定》（國辦發〔2002〕30號）授予項目承擔單位。項目承擔單位可以依法自主決定實施、許可他人實施、轉讓、作價入股等，並取得相應的收益，具體規定依照科技部發布的《關於國際科技合作項目知識產權管理的暫行規定》（國科發外字〔2006〕479號）執行。