轉基因技術的第二次浪潮發生在農業領域，包括農業轉基因動物、植物和微生物的培育。其中，轉基因作物發展速度最快，已培育出壹批抗蟲、抗病、耐除草劑的轉基因作物。然而，近年來，關於轉基因食品危害的謠言總是出現在公眾視野中。“轉基因玉米導致本地老鼠減少”和“母豬流產”...雖然這些謠言已經被證明是謠言，但人們對轉基因食品的安全性仍然心存疑慮。農業部科技發展中心遺傳安全處處長李寧表示，其實安全是壹個相對的概念，沒有零風險。“有人說傳統食品安全，但豆類生吃有毒，煮得不好也會中毒；牛奶和雞蛋通常被認為是非常安全的食品，也被國際組織認定為過敏原。轉基因產品是我們在技術發展過程中遇到的新問題，我們必須用科學的方式來回答。”
美國人自己不吃轉基因農產品，專門出口？歐洲日本絕對禁止吃轉基因食品？農業部科技教育司司長寇建平表示，這些說法並不屬實。美國農業部今年6月30日公布的最新數據顯示，美國種植的88%的玉米、90%的棉花和94%的大豆都是轉基因品種。今年生產的7286萬噸大豆中，只有41%出口，其余用於國內消費，其中931%被吃掉，包括玉米和甜菜。“即使是轉基因食品安全管理最嚴格的歐洲和日本，也沒有明確禁止轉基因食品。例如，歐盟委員會的網站列出了歐盟授權的轉基因生物，包括23種轉基因玉米和3種油菜，其中大部分用於食品。日本連續多年是世界第壹大玉米進口國，第三大大豆進口國，其中大部分是轉基因品種。”