根據上述職責，市知識產權局設5個內設機構。
(壹)辦公室(與監察室、機關黨委辦公室合署)。
負責組織協調機關日常工作，擬訂機關內部管理的各項規章制度並組織實施；負責文秘、檔案、保密、信息、會務、信訪、安全、政務公開、財務、審計等工作；負責政策研究和綜合性報告、文件起草；負責機關和指導直屬單位的人事管理、勞動工資、機構編制、紀檢監察、黨群和離退休人員服務等工作。
(二)政策法規處。
負責研究擬訂專利工作的地方性法規、規章草案和政策措施，負責重要文件的審核工作；承擔牽頭建立重大經濟活動知識產權特別審查制度工作；負責指導依法行政和普法工作，承辦有關專利行政訴訟、行政復議案件；指導全市專利中介機構及知識產權社會組織的工作。
(三)規劃發展處。
承擔推進知識產權高層次戰略合作的相關工作，負責牽頭擬訂並協調實施全市知識產權發展規劃，擬訂專利工作發展規劃和年度計劃並組織實施；組織重大知識產權項目實施工作，推動知識產權產業化和標準化；會同有關部門管理市級知識產權專項資金，組織落實專利獎勵及資助政策；指導全市知識產權信息化建設和企事業單位專利工作。
(四)協調合作處。
承擔組織協調全市保護知識產權的有關工作，推進知識產權創造、運用、保護和管理體系建設；承擔統籌、協調、指導知識產權戰略實施的相關工作；組織建立知識產權預警機制，牽頭開展知識產權的對外交流與合作；組織開展知識產權統計和考核工作；指導區、縣級市知識產權工作。
(五)執法監督處(掛市知識產權稽查隊牌子)。
承擔牽頭建立知識產權保護和執法協作機制的有關工作；負責編制全市專利執法的規劃、計劃；牽頭協調知識產權交易市場的規範與管理工作；組織協調全市性的知識產權保護專項執法活動；組織開展專利執法和市場監管工作；負責檢查生產、流通領域的專利商品；依法處理和調解專利糾紛、查處專利違法行為；組織建立維權援助及涉外專利訴訟應對機制。