辦理國務院全體會議、國務院常務會議等會務及國務院領導同誌內事活動、政府信息公開、文電收發運轉和國徽印鑒管理、信息、檔案、公文核稿、文印、機要通信和機要文件交換、辦公廳保密、《國務院公報》和《國務院大事記》編輯等方面的工作。
（二）秘書二局。
辦理發展改革、工業和信息化、財政、人力資源和社會保障、國土資源、環保、住房和城鄉建設、交通運輸、鐵道、水利、農業、商務、銀行、審計、國資監管、海關、稅務、工商管理、質量監督、檢驗檢疫、統計、林業、旅遊、氣象、證券、保險、電力監管、扶貧、供銷、貿促及港澳經濟等方面的文電、會務和督查調研工作。
（三）秘書三局。
辦理教育、科技、國防、外事、政法、民族、監察、機構編制、民政、文化、衛生、人口計生、廣電、新聞出版、體育、知識產權、宗教、參事、機關事務管理、港澳臺僑、法制、地震、自然科學基金、婦女兒童、殘疾人工作等方面的文電、會務和督查調研工作。聯系全國人大、全國政協、軍隊、宣傳、統戰等方面的工作。承辦國家科技教育領導小組的日常工作。
（四）國務院應急管理辦公室（國務院總值班室）。
負責國務院值班工作，及時報告重要情況，傳達和督促落實國務院領導同誌指示；組織開展應急預案體系建設，協助國務院領導同誌做好有關應急處置工作；辦理安全生產、信訪以及國務院應急管理方面的專題文電、會務和督查調研工作。
（五）督查室。
組織開展重大專項督查，承辦與有關中央機關聯合開展的督查工作；組織擬訂國務院辦公廳督查工作制度和工作規劃，指導和協調國務院辦公廳有關司局的經常性督查工作。
（六）電子政務辦公室。
負責國務院領導同誌辦公室和機關的政務信息化規劃、建設、技術與安全保障，以及中南海北區有關會議、活動的多媒體技術服務；組織開展中央政府門戶網站的建設、運行管理和內容保障工作；負責國務院辦公廳聯接各省、自治區、直轄市人民政府和國務院各部門計算機網絡的建設和管理工作。
（七）人事司。
負責機關的人事管理、機構編制、教育培訓和外事工作。
（八）行政司。
負責國務院領導同誌的服務事務和機關的後勤管理工作。
（九）財務室（副司局級）。
負責機關財務、國有資產管理；制定機關政府采購工作相關制度，承辦機關政府采購計劃、合同審批工作，監督機關政府采購執行情況。
機關黨委 負責機關的黨群工作。
離退休幹部局 負責機關的離退休幹部工作。