蔬菜花卉研究分院承擔蔬菜、花卉等新品種的研育、示範、推廣工作。現有員工27人，其中博士研究生1人，碩士研究生13，正高職3人，享受國務院政府和省政府特貼專家1人，哈爾濱市有突出貢獻中青年專家2人，東北農業大學兼職教授、碩士生導師3人，科研力量雄厚。
蔬菜花卉分院以建院之初確定的“攻關戰略、跟蹤戰略、示範戰略”為指針,在全體員工的***同努力下，取得了可喜的成績。自1998年以來，獲市長特別獎1項；“哈菜豆系列”為國家“九·五”重點推廣項目；“將軍油豆”被列為國家“十·五”重點推廣計劃；省良種化工程中標4項；通過黑龍江省品種審定委員會審定命名品種18個；引進品種在生產中推廣應用達57個；獲農業部神農中華農業科技獎三等獎1項，獲省政府科學技術獎壹、二、三等獎各1項，獲哈爾濱市科技進步壹等獎1項、二等獎2項，獲黑龍江省農業科學技術獎壹、二等獎各1項。分院黨支部連續幾年被市農委評為先進黨支部。 哈爾濱市農業科學院水產研究分院原名哈爾濱市水產研究所，成立於1971年，是壹所集科研、開發、教學、服務於壹體的市級科研機構。2005年並入哈爾濱市農業科學院，主要從事水產新品種的引進繁育、土著魚類的養殖與繁殖、魚類疫病防疫、瀕危物種救護等，先後承擔國家、省部、市級科研項目20余項，其中10項獲國家、省部、市級科技進步獎。現有職工42人，其中研究員4人、高級工程師6人，設有魚類生理生態研究室、魚類疫病研究室、魚類營養研究室、遺傳育種研究室以及兩個中心、四個基地（冷水性魚類研究中心、瀕危水生野生動物救治中心、太平湖大眼獅鱸保種基地、木蘭香磨山湖白鮭保種基地、東北農業大學科研與教學研究基地、哈爾濱市魚類生態科普基地）。
冷水性魚類研究中心主要負責冷水性魚類及土著魚類的研究與開發，瀕危水生野生動物救治中心主要負責黑龍江、松花江流域瀕危物種的救治與再利用。2002年成立以來，***救治、放流國家二級保護動物史施鱘成魚70尾，其中親魚兩尾，魚卵50萬粒，魚苗29萬尾，10厘米長幼魚10.3萬尾。為黑龍江瀕危物種的保護做出了貢獻，為建立哈爾濱區域農科教中心奠定了基礎。 農業教育分院現有員工15人，其中副高職7人，碩士研究生3人，擁有專兼職教師20余人。
農業教育分院的主要任務是承擔哈爾濱市農業成人中專職業教育；承擔哈爾濱市各類農業幹部培訓；承擔農民的農業科技素質教育和農民工職業技能培訓；承擔哈爾濱市農村職業教育師資培訓；開展與省內農業高等院校聯合培養“學歷+技能”型人才的工作。師資力量雄厚，教學手段先進，教學資源豐富，形成了壹套較為成熟的教育教學管理體系。
近幾年，先後舉辦了多期鄉鎮長培訓班、農民科技“領頭羊”培訓班、農村剩余勞動力轉移培訓班，並經常組織科技人員到田間地頭指導和培訓農民，為我院新品種、新技術的推廣、農民增收、農業增效做出了應有的貢獻。同時，我院還與東北農業大學、省市電大等高校開展多層次學歷教育工作。截止目前，我院***培養中專生30,000余人，大專生2,000余人，本科生150余人，培養“學歷+技能”型人才600余人，培訓農技人員2萬余人。是哈爾濱市農村職業教育師資培訓基地和東北農業大學、黑龍江大學、省農工職院、雙城畜牧獸醫學校的實訓基地，為哈爾濱市農業及農村經濟的發展提供了人才和智力支持。 糧食經濟作物研究分院現有員工42人，其中正高職1人，在讀博士3人、碩士研究生7人，享受省政府特貼專家1人，省勞模1人，“五四”青年獎章獲得者1人。
該分院重點開展了玉米、水稻、大豆等糧經作物新品種和配套技術的研究、開發以及現代高新農業技術的研究、示範工作。
近幾年，先後承擔了國家發改委的“國家優質水稻生產基地建設”、“國家優質大豆生產基地建設”和農業部的“哈爾濱市優質糧飼兼用玉米原原種擴繁基地建設”等項目。在“整合戰略、產業化戰略、標準化戰略”的指引下，各項工作已取得了階段性成果。已審定玉米新品種2個，取得農作物新品種保護權3個。自主研究完成了多種植物水培、基質培的無土栽培技術研究、示範；蝴蝶蘭、非洲菊、紫羅蘭、草莓等的組織培養快繁技術研究、開發；蔬菜與花卉的工廠化育苗技術研究、示範與開發；現代設施栽培模式研究與示範。參與的科研項目先後獲“市科技進步獎壹等獎”和“省科學技術獎壹等獎（進步類）”各壹項。 農村經濟研究中心現有員工10人，其中正高職1人，副高職3人，碩士研究生1人。
目前中心的主要任務是結合哈爾濱市農村發展現狀和特點，在農村發展戰略規劃、農村經濟結構調整、農民增收、農業產業化經營等領域開展廣泛深入的研究，為政府部門決策提供依據和參考；及時準確地發布農村經濟信息、國內外農業發展動態、“三農”問題的新觀點、新思路；介紹農業新技術、新產品、新成果，為農業增產、農民增收提供信息服務。
近年來，承擔了市科委、市農委、市計委等部門的重點課題研究任務，完成論文和研究報告百余篇，其中有39項研究成果分別獲國家、省、市優秀科研成果獎。 哈爾濱市農業科學院畜牧研究分院成立於2005年，在市農委、院黨委的正確領導下，在科技局、財政部門及相關單位的大力支持下，經過分院各位同誌3年多的***同努力，現已形成具有壹定科研能力，並能承擔部分省、市級科研項目的畜牧科研部門。
自成立以來，分院重點研究牧草育種、飼料加工及家畜品種改良等工作，先後申報省、市級科研項目十余項,批準三項.先後與東北農業大學、黑龍江省農業科學院、正清和乳業等企事業單位，合作完成科研攻關項目。並完成市委、市農委安排的社會主義新農村幫建，社會調研等工作。配合有關單位組織的科技下鄉、支農、扶農等工作。
分院現有研究員1人、享受研究員級待遇高級畜牧師1人、助理畜牧師2人，現代化養殖場壹座。在市農委、院黨委的領導下，分院遵循“每天進步壹點點,每天創新壹點點”的口號,逐步提高科研能力,服務哈爾濱市畜牧業,為我市的畜牧業發展、農村繁榮和農民增收貢獻力量。 海南育種中心現有固定人員2人，常年在海南工作。每年接待蔬菜和糧食經濟作物南繁加代科技人員10-15人。
海南育種中心的職責是：負責南繁基地的日常管理和基本建設；負責南繁專家公寓的建設和日常管理；負責接送南繁科技人員；負責與當地相關部門進行溝通與協調，辦理相關事宜的審批手續；負責農科院駐海南辦事處的日常管理；負責接待到海南視察的各級領導和院考察團。 農業機械化研究分院原名哈爾濱市農業機械化研究所，成立於1974年，是壹所集科研、開發、生產、推廣於壹體的市級公益性科研機構，2010年12月並入哈爾濱市農業科學院。主要在農業機械化工程領域以研發新型農機具為主，為農牧業生產提供農機化新技術、新裝備；為農業可持續發展，推進農業機械化、現代化，進行發展戰略研究；為政府各級相關管理部門制定有關法規、制度、條例等提供專業技術依據。
現有職工46人，其中高級專業技術人員16人、中級專業技術人員16人。內設農機化研究室、綜合技術研究室、設施農業研究室、農副產品加工研究室、信息資料研究室、科研管理科、綜合辦公室（下設生產試制車間）、財務科等8個專業職能科室。成立三十多年來，先後承擔國家、省、市重點科研攻關項目60多項，其中30多項獲省、市科技進步獎，取得自主知識產權專利技術30多項，鍛煉和造就了壹支學術水平較高，專業技術較強的科技隊伍。近年來，農機化分院在聯合整地機技術、水旱田保護性耕作技術、谷物幹燥技術、玉米收獲技術等方面的研究取得多項突破，處於國內領先水平，同時也取得了良好的社會效益。