知識產權在海關備案申請保護的步驟： (壹)註冊為系統用戶； (二)錄入備案申請數據； (三)繳納備案費； (四)提交紙面申請書； (五)補正申請； (六)收到核準或者駁回申請的通知。《中華人民***和國專利法》第二十六條申請發明或者 實用新型專利 的，應當提交請求書、說明書及其摘要和 權利要求書 等文件。請求書應當寫明發明或者實用新型的名稱，發明人的姓名，申請人姓名或者名稱、地址，以及其他事項。說明書應當對發明或者實用新型作出清楚、完整的說明，以所屬技術領域的技術人員能夠實現為準；必要的時候，應當有附圖。摘要應當簡要說明發明或者實用新型的技術要點。權利要求書應當以說明書為依據，清楚、簡要地限定要求專利保護的範圍。依賴遺傳資源完成的發明創造，申請人應當在專利申請文件中說明該遺傳資源的直接來源和原始來源；申請人無法說明原始來源的，應當陳述理由。
法律客觀：根據《知識產權海關保護條例》，海關對知識產權的保護分為依申請保護和依職權保護兩種模式。兩種模式的差異主要體現在海關介入的程度和權利人承擔的義務有很大的差異。(壹)依申請保護依申請保護，是指海關對根據知識產權權利人的申請發現的侵權嫌疑貨物予以扣留的措施。依申請保護有以下特征：(1)知識產權權利人發現侵權嫌疑貨物後可以直接向口岸海關申請扣留，不必事先將其知識產權向海關總署備案;(2)海關不負責對侵權嫌疑貨物的進出境進行監控;(3)知識產權權利人應當向海關提供相當於侵權嫌疑貨物價值的擔保;(3)海關無權對貨物的侵權狀況進行調查。海關扣留侵權嫌疑貨物後，知識產權權利人應當向人民法院申請司法扣押。如果人民法院未能在海關扣留貨物後20個工作日內通知海關協助扣押，海關應當放行被扣留的貨物。可見，依申請保護模式與世界貿易組織《與貿易有關的知識產權協議》中關於海關中止放行的規定基本壹致。由於在依申請保護模式下，海關不會主動采取制止侵權貨物進出口的措施，所以，依申請保護模式也被稱作“被動保護”模式。(二)依職權保護依職權保護，是指海關在對進出口貨物的監管過程中，對其發現的侵犯知識產權的進出口貨物主動采取的扣留和調查處理的措施。“依職權”壹詞來源於《與貿易有關的知識產權協議》中的拉丁文ex-officio.依據職權保護有以下特征：(1)知識產權權利人應當事先將其知識產權向海關總署備案;(2)海關發現涉嫌侵犯備案知識產權的進出口貨物，應當中止放行，並書面通知有關知識產權權利人;(3)知識產權權利人要求海關扣留侵權嫌疑貨物的，應當在3個工作日內提出申請;(4)知識產權權利人向海關提供的擔保最高不超過人民幣10萬元;(5)海關有權對貨物的侵權狀況進行調查和認定;對不能認定貨物侵權狀況的，海關應當通知知識產權權利人向人民法院申請司法扣押;(6)海關對其認定侵權的貨物，有權予以沒收並對侵權貨物的收發貨人給予行政處罰。對構成犯罪的還應當向公安機關移送;(7)對沒收的侵權貨物，海關有權依法進行處置。在依職權保護模式下，海關有權主動采取制止侵權貨物進出口的措施，所以，依職權保護模式也被稱作“被動保護”模式。