兩者是同屬於知識產權概念，種類不同而已，軟件著作權登記證書是軟件證明材料通過國家認可機構(版權保護中心)審核取得的，而專利是受法律保護的發明創造，它是指壹項發明創造向國家審批機關(專利局)提出專利申請，經依法審查合格後向專利申請人授予的在規定時間內對該發明創造享有的專有權。
軟件著作權人如果是通過受讓方式取得的，申請軟件著作權登記的方式有兩種：
A類--獲得“計算機軟件著作權登記證書”。即以受讓方為申請人填寫的“計算機軟件著作權登記申請表”。
B類—獲得“計算機軟件著作權合同登記證書”。即以轉讓方或受讓方為申請人填寫的“計算機軟件著作權轉讓合同和專有許可合同登記申請表”。
計算機軟件著作權是指該軟件的開發者或其他權利人依據有關著作權法律的規定，對於軟件作品享有的各項專有權力；就權利的性質而言，它屬於壹種民事權力，具備民事權利的***同特征。
法律依據：
《中華人民***和國民法典》 第壹百二十三條
民事主體依法享有知識產權。知識產權是權利人依法就下列客體享有的專有的權利：
(壹)作品;
(二)發明、實用新型、外觀設計;
(三)商標;
(四)地理標誌;
(五)商業秘密;
(六)集成電路布圖設計;
(七)植物新品種;
(八)法律規定的其他客體。
《計算機軟件保護條例》第五條
中國公民、法人或者其他組織對其所開發的軟件，不論是否發表，依照本條例享有著作權。
《中華人民***和國專利法》第二條
本法所稱的發明創造是指發明、實用新型和外觀設計。
發明，是指對產品、方法或者其改進所提出的新的技術方案。
實用新型，是指對產品的形狀、構造或者其結合所提出的適於實用的新的技術方案。
外觀設計，是指對產品的整體或者局部的形狀、圖案或者其結合以及色彩與形狀、圖案的結合所作出的富有美感並適於工業應用的新設計。