以上法律關系是獨立存在的，在法律認定上是獨立的，即是否有因果關系。不能因為買賣合同損害財產，不能侵犯商業秘密。
本案中，乙方基於債權自行拆除公司財產沒有法律依據，已經侵犯了甲方的公司財產權，同時也侵犯了甲方的商業秘密。甲方有權要求乙方返還公司財產，並要求賠償甲方的損失，包括商業秘密的損失。
其中，財產損失為乙方拆除的財產，以實際金額為準。而侵犯商業秘密的數額應按如下方式確定:
1，當事人自願協商賠償金額也是實踐中常見的方式。
2.賠償金額為商業秘密權利人因侵權所遭受的損失。這種賠償的計算方法要求侵權人應當賠償商業秘密權利人能夠計算的全部財產和收入損失。
3.賠償的數額為侵權人因侵權所獲得的利潤。對非法出售商業秘密給他人的，賠償數額為其非法出售的收入；對於非法利用商業秘密進行生產經營活動的，賠償金額為獲得或者增加的利潤。利潤率無法確定時，可以委托知識產權評估機構或者專家進行評估。
4.補償金額為不低於商業秘密使用許可的合理使用費。壹般適用於善意取得商業秘密的第三人的責任。用這種方法計算賠償數額，要防止商業秘密權利人與他人串通編造許可合同和許可費，從而向侵權人收取巨額賠償。
5.固定補償。當原告的損失和被告的利潤無法確定時，根據最高人民法院《關於全國部分法院知識產權審判工作座談會紀要》，可以適用定額賠償。也就是說，對於侵權事實已經查明，但原告的損失和被告的利潤無法確認的案件，可以采用定額賠償的方法來確定損害賠償的數額。固定賠償的幅度可以在5000元至30萬元之間，具體數額由人民法院根據被侵權的知識產權類型、評估價值、侵權持續時間、權利人因侵權遭受的商譽損失等因素，在固定賠償幅度內確定。
建議盡快協商解決問題，以盡快恢復甲方公司的正常運營。在實際操作中，可先通過提供擔保或簽訂還款計劃的方式追回公司財產，再追究乙方的上述法律責任。以上方法確定損失後，可以通過訴訟解決，壹般會得到法院的支持。
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