根據棉花抗蟲性來源的不同，抗蟲棉可分為兩類，壹類是常規抗蟲棉，另壹類是轉基因抗蟲棉。在抗性方面，生產上推廣應用的這兩類抗蟲棉的抗性都不理想，只有在棉鈴蟲等棉花害蟲輕微發生時才能表現出壹定的效果。而轉基因抗蟲棉的抗蟲性突出且穩定，即使在棉鈴蟲高發的年份也是如此。生產實踐證明，壹般年份，抗蟲棉減少60%-80%用量，不會影響產量。但不能認為種抗蟲棉就可以停止化學防治，坐等豐收。近幾年推廣的抗蟲棉大多是轉基因棉，只抗棉鈴蟲等鱗翅目害蟲。因此，當達到防治指標時，應及時進行化學防治。如果種植轉基因抗蟲雜交棉的田間，如果田間調查發現有不抗蟲植株或適應性差的植株，應及時拔除，提高群體中抗蟲基因的頻率。如果在抗蟲棉周圍種植常規品種(非抗蟲棉)或大豆、瓜類等感蟲作物，勢必造成棉鈴蟲幼體對這些感蟲作物的危害，當它們變成老幼蟲時，就會轉移到抗蟲棉上繼續危害。這是因為轉基因抗蟲棉中含有毒素，對棉鈴蟲幼蟲和棉鈴蟲幼蟲(1-2齡)幼蟲的毒性作用較強，而對較老的幼蟲毒性作用較差。因此，抗蟲棉種植後，因純度差，與感蟲作物套種或與非抗蟲雜交植株混種。當這些植物上的棉鈴蟲幼蟲長大後，會轉移到抗蟲棉植物上繼續危害。