馬德裏國際商標註冊的優點主要體現在以下幾個方面
其壹，手續簡單。直接向世界知識產權組織國際局辦理商標國際註冊事宜，無需分別委托國外代理組織代為申請並準備不同申請文件的繁瑣。
其二，節省費用。國際註冊費用低於分別到每個國家註冊的費用，申請的國家越多，則費用節省得相對越多。
其三，節省時間。各成員國約定商標審查必須在12個月或18個月內完成，否則商標在該國自動獲得保護，這縮短了申請人在有些實質審查期限非常長的國家得到商標註冊保護的時間。
但是馬德裏國際商標註冊自身也存在如下缺點，需要申請人加以註意：
其壹，並無統壹頒發的註冊證。如世界知識產權組織國際局雖然頒發國際註冊證，但其效力僅類似於我國的商標註冊申請受理通知書。目前僅有少數成員國（美國、日本等）可以在核準國際註冊申請後頒發商標註冊證書，但實踐中大多數的成員國即使核準壹般也不再單獨頒發註冊證。如果申請人需要證明該商標在所指定國家受到保護，還需要單獨再向該國商標局申請開具商標註冊證明文件，並繳納額外相關費用。
其二，成員國數量有限。截至目前，馬德裏體系的締約方有98個，但壹些我國的重要貿易夥伴國家還沒有成為成員國，如加拿大、巴西、阿根廷、馬來西亞、泰國、印度尼西亞等。因此，申請人為了覆蓋更廣的地域保護範圍，必須同時選擇馬德裏體系和單壹國家申請來註冊商標。
其三，註冊效力並不十分穩定。由於馬德裏國際註冊是以申請人的國內申請或者國內註冊為基礎的，如果壹旦原屬國的基礎註冊或者基礎申請在五年內被以任何理由撤銷，那麽以國內註冊或者國內申請為基礎的馬德裏國際註冊即使被各成員國核準註冊也隨之將被撤銷，這就是著名的“中心打擊原則”。