組成部門與直屬機構、辦事機構、直屬事業單位屬於上下級領導關系，但有個別直屬機構屬於國務院直接領導的正部級單位 ?。教育部和（原）安監總局都沒有隸屬關系，沒有職權大小比較。
政府部門管理機構，即部委管理的國家局，是由於有些事務需以國家名義行使，但有必要設立直屬機構，如：國家煙草管理局、國家林業局（農業部管轄）、國家糧食局等，因此掛靠在某些部委下，但仍保留其國家名稱。這些部門通過的行政命令不但需要成交國務院辦公會或國務院常務會議審議批準，還應事先交由管轄的部委首長審議批準。
2018年3月22日 《國務院關於機構設置的通知》規定部門設置如下:
國務院設置辦公廳、國務院組成部門（26個）、國務院直屬特設機構（1個）、國務院直屬機構（16個）、國務院辦事機構（2個）、國務院直屬事業單位（9個）、國務院部委管理的國家局（16個）。 ?2018年3月22日，國務院機構改革和職能轉變方案公布。這次改革，國務院正部級機構減少8個，副部級機構減少7個。
參考資料：