首先是中央和地方的關系。正確處理中央和地方的關系，就是要分清責任分工，避免混淆角色定位。中央政府科技部門重在宏觀規劃指導和重大戰略部署，要充分尊重和鼓勵地方政府根據本地實際發展科技。地方政府的科技部門要充分發揮地方的主動性和積極性，而不是老是“仰望”和“跑部錢進”，老是寄希望於中央的專項支持。具體到工作層面，就是如何處理科技部和地方科技部門(或科委)的關系。地方科技工作壹方面要與國家接軌，另壹方面要與地方實際緊密結合。
二是地方與基層的關系。地方科技主要面向省(含自治區、直轄市、計劃單列市、地級市或地區)，基層科技主要面向縣(含縣級市或市轄區)。地方科技不僅是自上而下通達的樞紐，也是基層科技工作的有力指南。基層科技工作除了要與國家和地方科技有效銜接(地方科技項目在基層啟動)，還需要積極為基層經濟社會發展提供支撐和引領服務。基層政府在地方科技項目的落地和具體實施過程中，必須緊密結合當地基層實際，充分體現地方特色。
三是異地科技工作的關系。異地，尤其是區域經濟壹體化較好的地方(如珠三角、長三角、京津冀等。)不僅需要競爭，更需要協調與合作。每個地方都要主動溝通協調，讓合適的技術在合適的地方得到開發、示範和推廣，而不是以鄰為壑，各自為戰。這裏既要鼓勵適度競爭和“比較”，也要鼓勵聯合技術研究和示範。比如京津冀地區發展高科技要充分考慮相互協調、錯位發展，西藏和青海可以在高原特色資源開發、藏醫藥、民族手工藝等方面進行聯合研發。
第四是政府部門之間的關系。地方科技廳(科委)負責統籌地方科技工作，與其他政府部門有很多重疊，需要加強組織協調。比如，知識產權保護需要與知識產權局協調，高新技術企業認定需要與稅務部門協調，科研經費管理需要與財政、審計部門協調，科學普及需要與科協協調，高新技術產業化需要與地方政府發改委、工信部(或經信委)等部門聯動。同時，氣象、地震、國土、環保、衛生等不同政府部門的科技也要加強與地方科技部門的銜接和統籌協調。這裏的關鍵是建立不同部門合作的工作機制，謹防各自為政，互不溝通。
五是基礎研究和應用研究的關系。地方科技工作的重點是結合地方實際應用和開發研究，基礎研究相對較少。但壹些具有地方地域或民族特色的基礎研究也是地方科技不應忽視的領域，如青藏高原藏醫藥基礎研究、青稞育種基礎研究等。這裏的重點是如何把握兩者的比例。在經濟發達地區，基礎研究的比例可以適當提高。在經濟欠發達地區，科技投入相對較少，壹般基礎研究投入更少。在這裏，有關部門需要認真研究如何建立中央和地方政府對地方基礎研究(實際上具有區域特色的基礎研究也是國家基礎研究的壹部分)的聯合支持機制(包括支持的比例和方式)。
第六，宏觀管理與項目管理的關系。地方科技工作包括宏觀管理和項目管理兩個方面。宏觀管理壹般由政府部門負責，項目實施和管理由相應的機構或專業機構(如生產力促進中心、科技成果轉化促進中心等)進行。)，如組織實施科技攻關計劃、火炬計劃、星火計劃、科技成果推廣計劃、科技富民強縣專項行動、創新型城市和可持續發展實驗區等。與國家科技工作類似，地方科技工作的重點仍是宏觀規劃和管理，具體工作的實施層面應由專業機構實施。
第七，政府與市場的關系。黨的十八大報告明確指出，經濟體制改革的核心問題是正確處理政府和市場的關系，必須尊重市場規律，充分發揮政府作用。在地方科技工作中，也要處理好政府和市場的關系。在企業技術創新中，要充分發揮企業在創新決策、R&D投資、科研組織和成果應用等方面的主體作用，讓市場機制發揮作用。政府的作用主要是產業引導和政策鼓勵(包括支持產業關鍵技術研發、產業技術創新聯盟等。).在公益性強、正外部性強的基礎研究領域，需要更多發揮政府的作用。
八是當前與長遠的關系。科技的發展總是日新月異，政府部門面臨著過渡、工作連續性等問題。因此，地方科技工作中如何處理好當前和長遠的關系十分關鍵。地方科技工作既要面向地方經濟社會發展的現實需要(政府的職責)，又要考慮新科技革命可能帶來的未來變化。從基礎研究、應用研究、產業技術和關鍵技術的研發、新產品的研發到最終上市，需要較長的時間，需要穩步推進。各級政府和科技部門需要有足夠的耐心，擺脫浮躁的心，慢慢地、小心翼翼地工作。這就需要處理好短期和長期的關系。
當前，世界正處於第六次科技革命和第三次工業革命的前期，新的科技成果不斷湧現。各地經濟轉型升級、社會進步，也對地方科技工作提出了新的更高要求。因此，要把握和定位地方科技工作，處理好以上八個關系。