1、權利依據不同。軟件著作權依據為《計算機軟件保護條例》，專利權權利依據為《專利法》；
2、作用範圍不同。軟件著作權作用於計算機程序及其有關文檔，專利作用於發明創造；
3、兩者是同屬於知識產權概念，種類不同而已，軟件著作權登記證書是軟件證明材料通過國家認可機構審核取得的，而專利是受法律規範保護的發明創造，它是指壹項發明創造向國家審批機關提出專利申請，經依法審查合格後向專利申請人授予的在規定的時間內對該項發明創造享有的專有權。
確定軟件著作權的歸屬：
1、屬於軟件開發者，即屬於實際組織開發、直接進行開發，並對開發完成的軟件承擔責任的法人或者其他組織；或者依靠自己具有的條件獨立完成軟件開發，並對軟件承擔責任的自然人；
2、合作開發的軟件，其著作權的歸屬由合作開發者簽訂書面合同約定。無書面合同或者合同未作明確約定，合作開發的軟件可以分割使用的，開發者對各自開發的部分可以單獨享有著作權；合作開發的軟件不能分割使用的，其著作權由各合作開發者***同享有；
3、接受他人委托開發的軟件，其著作權的歸屬由委托人與受托人簽訂書面合同約定；無書面合同或者合同未作明確約定的，其著作權由受托人享有；
4、由國家機關下達任務開發的軟件，著作權的歸屬與行使由項目任務書或者合同規定；項目任務書或者合同中未作明確規定的，軟件著作權由接受任務的法人或者其他組織享有；
5、自然人在法人或者其他組織中任職期間所開發的軟件有下列情形之壹的，該軟件著作權由該法人或者其他組織享有：
（1）針對本職工作中明確指定的開發目標所開發的軟件；
（2）開發的軟件是從事本職工作活動所預見的結果或者自然的結果；
（3）主要使用了法人或者其他組織的資金、專用設備、未公開的專門信息等物質技術條件所開發並由法人或者其他組織承擔責任的軟件。
法律依據：《中華人民***和國民法典》第壹百二十三條
民事主體依法享有知識產權。
知識產權是權利人依法就下列客體享有的專有的權利：
（壹）作品；
（二）發明、實用新型、外觀設計；
（三）商標；
（四）地理標誌；
（五）商業秘密；
（六）集成電路布圖設計；
（七）植物新品種；
（八）法律規定的其他客體。