港區是指根據廈門港總體布局規劃，為保證港口生產經營需要，經批準劃定的水域和陸域。
規劃港區是指根據廈門港總體布局規劃，為進壹步開發建設港口而劃定的界限明確的保留水域和陸域。第四條市人民政府應當將臨港產業納入國民經濟和社會發展規劃，並組織實施。
市人民政府對港口發展實行宏觀調控，港口發展采取政府投資和社會投資相結合的方式。第五條市港口行政管理部門依法管理本市港口行業，組織本條例的具體實施。
有關行政管理部門和法律、法規授權的組織應當按照各自的職責做好港口管理工作。第二章港口規劃第六條廈門港總體布局規劃應當符合國家和福建省港口布局規劃，以及本市城市總體規劃和海域功能區劃。
廈門港總體布局規劃包括:港口規模、性質、功能、吞吐量發展水平、港口邊界、規劃的港口分區、港口範圍、水域布局、陸域布局、水陸域利用、岸線利用、環境保護、各項設施建設用地分配和分期建設計劃。第七條廈門港總體布局規劃由市港口行政管理部門組織編制，經市規劃部門綜合平衡後，按照國家有關規定報市人民政府審批。第八條廈門港各港區規劃由市港口行政管理部門根據廈門港總體布局規劃組織編制，經市規劃部門審核，報市人民政府批準。
港區規劃的主要內容包括:港區經營範圍和規模、陸域和水域功能區布局、輔助生產設施配套、環境保護和分期建設計劃。第九條廈門港總體布局規劃和港口規劃的調整和修改，必須報原審批部門審批。第十條廈門港總體布局規劃和港區規劃由市港口行政管理部門組織實施。第三章港口建設第十壹條市港口行政管理部門應當根據廈門港總體布局規劃，有計劃地組織協調港口基礎設施和相關配套設施的建設，合理利用港口資源。第十二條港口建設項目應當符合廈門港總體布局規劃和港口規劃，其設計、施工和驗收應當符合國家和行業規定的技術標準和要求。
港口建設項目應當實行項目法人責任制。第十三條在港區和規劃港區內新建、改建、擴建港口設施等項目，應當經市港口行政管理部門審批，並按照基本建設程序辦理相關審批手續。第十四條港口基礎設施項目的設計、施工、監理招標由市港口行政管理部門在職責範圍內依法監督，並接受市建設行政管理部門的監督管理。第十五條港口設施建設工程質量監督按照國家有關規定由港口工程質量監督機構進行。第十六條港口設施建設項目竣工驗收，由市港口行政管理部門按法定程序組織或參加。第四章港口管理第十七條在港區內從事裝卸、倉儲、船舶理貨和駁船拖帶業務的，應當符合國家規定的條件，經市港口行政管理部門審核同意後，依法向有關部門辦理手續。
在港區內申請設立水路運輸或者道路運輸業務的企業，應當按照規定向有關行政主管部門辦理手續。第十八條營業性船舶的經營人或者代理人應當在船舶到港前，按規定向市港口行政管理部門報告船舶動態、靠泊和停泊計劃並申請引航，服從市港口行政管理部門的管理和監督。
對國家、船舶封鎖港口、搶險救災等需要優先運輸的物資和貨物，市港口行政管理部門可以實行統壹安排，組織優先作業，並采取必要的調度措施。從事港口業務的企業、單位、個人、船舶和車輛應服從管理。第十九條市港口行政管理部門負責對港口生產經營進行監督檢查，監督港口經營的安全、質量和衛生，維護港口生產經營秩序。第二十條港口特種作業人員實行持證上崗制度。市港口行政管理部門應當配合市安全生產綜合管理部門對港口特種作業人員進行培訓，市安全生產綜合管理部門應當進行考核並頒發證書。第二十壹條市港口行政管理部門應當收集並定期發布國內外港口信息，為從事港口業務的企業提供必要的國內外港口生產經營信息咨詢服務。
從事港口業務的企業應當按照有關規定向市港口行政管理部門報送統計報表和資料。