專利權保護的發明創造，是技術上的解決辦法或者外觀設計上的藝術創作和獨特創意。保護的目的，在於的鼓勵發明創造，有利於發明創造的推廣應用，促進科學技術進步和創新。
而商標權保護的商標，是具有區別商品或者服務來源的顯著特征的標誌。保護的目的，為了促進生產者保證商品質量和維護商標信譽，以保障消費者的利益，促進社會主義商品經濟的發展和公平競爭。
2、保護的對象和範圍不同
專利權的對象是獲得專利的發明，實用新型或外觀設計。對專利權的保護範圍分別以發明，實用新型的權利要求的內容為準和以表示在圖片或照片上的外觀設計專利產品為準。
商標權的對象是以文字、圖形或者其組合構成的註冊商標。對商標權的保護範圍以核準註冊的商標和核定使用的商品為限。
3、國家主管機關和適用的相關法律不同
中國《專利法》是管理專利的基本法律。國家知識產權局專利局主管全國專利受理和審查專利申請的管理工作。
中國《商標法》是管理商標的基本法律。國家工商行政管理局商標局主管全國商標註冊和管理的工作。
4、時效性的不同
中國的《專利法》規定，發明專利的有效期為20年，實用新型和外觀設計專利的有效期為10年，期限屆滿均不得續展。
而《商標法》規定，註冊商標的有效期為10年，期滿可以續展註冊，而且可以無制重復申請，每次續展註冊的有效期均為10年，因此商標權的有效期實質上可以是無限期的。