根據我國青藏高原的自然條件、飼草資源和牦牛群體結構特點，在現有品種改良的基礎上，以產業發展定位和市場需求為出發點，分地區制定育種目標和技術路線，建立基礎母牛核心群，培育具有原產地特色和自主知識產權的牦牛新品種。同時，完善後代測定體系，開展生產性能測定，建立全國統壹的牦牛生產性能數據庫，為我國牦牛聯合育種創造有利條件。
(1)聯合育種原理
1)總體規劃根據各牦牛產區的基本種群狀況，確定育種方向。
2)多群體、多組合、多模式合作，促進各地已形成的改良或雜交生產基礎，優化品種培育的雜交組合和雜交模式。
3)分區合作根據各優勢區域的不同特點，不同優勢牦牛品種各有側重，強調區域內的合作。
4)突出地方優良品種，培育特色品種是今後中國牦牛業發展的基礎。可以采取提質增肉的方針，將引進雜交與該品種選育相結合，以加強地方群體的利用，形成優質牛肉生產群體。
(2)聯合育種的組織措施
1)育種委員會是聯合育種的技術權威機構，全面負責所有技術工作，包括制定育種計劃，確定階段性育種目標，優化不同種群的育種計劃，監督育種計劃的實施，確定組織績效和遺傳評估的具體實施，設計和更新育種計劃。
2)進行五個統壹的育種計劃，統壹布局育種場地，統壹確定技術路線，統壹實施育種方案，統壹開展基礎工作。
3)進行性能測量，設置綜合測量站，選擇現場測量站。綜合檢測站檢測育肥性狀、屠宰性狀、肉質性狀、分子和生理生化指標；生長性狀、繁殖性狀、育肥性狀、屠宰性狀等。在現場測量站進行測試。
4)聯合遺傳評價遺傳評價是種子性能評價的基礎，也是聯合育種中最重要的技術環節之壹，前提是有準確可靠的性能測定數據；也可以結合分子育種技術的應用，選擇優良的種牛。