在日常生活中，我們可以通過身份證號來唯壹識別每個人。同樣，我們也可以在指紋圖像上找到壹些功能類似於身份證號的特征點來唯壹識別壹個指紋，從而進壹步識別每個人。自動指紋識別系統(AFIS)就是利用計算機來完成上述功能，而不是由人來完成復雜、費時、準確率低的工作。自動指紋識別系統(AFIS)通過特殊的光電轉換設備和計算機圖像處理技術，對活體指紋進行采集、分析和比對，能夠自動、快速、準確地識別個人身份。壹般可分為“線下部分”和“線上部分”。如圖2所示。
離線部分的主要步驟是用指紋采集器采集指紋，提取細節點，將細節點保存在數據庫中，形成指紋模板庫。在線部分包括用指紋采集器采集指紋，提取細節點，然後將這些細節點與數據庫中存儲的模板細節點進行匹配，判斷輸入的細節點和模板細節點是否來自同壹根手指的指紋。壹般來說，離線加工允許人為因素介入，系統參數可以根據需要手動調整，而在線加工應該完全由系統自動完成。
指紋識別技術是世界上應用最廣泛、最便宜、最易用的生物認證技術。與其他身份認證技術相比，自動指紋識別具有許多獨特的信息安全優勢，具體體現在以下幾個方面:1)每個人的指紋都是相當固定的，不會隨著人的年齡增長或健康狀況的變化而變化，但人的聲音和面部有很大的變化可能性。2)指紋樣本容易獲取，識別系統容易開發，實用性強。目前已經有了標準的指紋樣本庫，方便了身份識別系統的軟件開發。另外，識別系統中完成指紋采樣功能的硬件部分也很容易實現。3)壹個人的十個指紋都是不同的，可以方便地利用多個指紋形成多個密碼，提高了系統的安全性。5)指紋識別使用的模板不是原始的指紋圖，而是從指紋圖中提取的關鍵特征，這樣即使模板庫的存儲量很小，系統也能保護用戶的個人隱私。另外，從輸入的指紋中提取關鍵特征後，可以大大減輕網絡傳輸的負擔，便於遠程確認，支持電腦的網絡功能。
中國科學院自動化研究所智能生物信息系統研究組和北京數指通信軟件技術有限公司對自動指紋識別技術進行了長期的理論研究和應用系統開發。在生物特征識別領域，承擔了多項國家863計劃項目、國家自然科學重點基金、科學院創新基金等國家重點項目，在PR、PRL、ICPR、AVBPA等國內外學術期刊及該領域主流會議上發表學術論文40余篇。其最新的指紋識別算法已通過自動指紋識別算法(FVC2002)認證，各項指標均達到世界第七水平，國內參評單位排名第壹。指紋圖像的識別精度和速度達到國際先進水平。此外，結合社會應用的實際需求，開發了具有自主知識產權的各類嵌入式指紋識別模塊和指紋應用系統軟件，受到用戶的壹致好評。